结论是：签了合同但两份都在单位手里，合同本身并不因此无效，但这种情况可能引发一系列法律问题和风险，需要视具体情况来分析。
一、合同效力不受影响
首先，要明确的是，合同的效力并不取决于合同文本由谁保管。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或者当事人另有约定。因此，即使两份合同都在单位手里，只要合同是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么合同就是有效的。
二、可能引发的法律问题和风险
证明合同内容困难：
- 如果合同只有单位持有，而员工没有副本，那么在发生争议时，员工可能难以证明合同的具体内容，包括双方的权利和义务、违约责任等。这可能导致员工在维权时处于不利地位。
单位可能擅自修改合同：
- 如果单位有机会单独接触并修改合同，而员工无法及时知晓，那么单位可能会利用这一机会擅自修改合同内容，损害员工的利益。虽然这种行为在法律上是违法的，但员工在发现并证明这一点上可能面临困难。
影响员工权益的行使：
- 合同是员工行使权利、履行义务的重要依据。如果员工没有合同副本，可能会影响其正常行使权利，如申请休假、要求加薪等。同时，在发生劳动争议时，员工也可能因为缺乏合同证据而难以维权。
三、应对措施和建议
要求单位提供合同副本：
- 员工有权要求单位提供合同副本，以便自己保管和查阅。如果单位拒绝提供，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
在签订合同时保留证据：
- 在签订合同时，员工可以要求单位在合同上加盖公章或签字确认，并自己保留一份合同复印件或扫描件作为证据。这样，在发生争议时，员工可以出示这些证据来证明合同的内容和双方的约定。
及时咨询专业律师：
- 如果员工对合同的内容或单位的做法有疑问或担忧，可以及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议和帮助，维护员工的合法权益。
四、特殊情况下的合同效力
- 如果单位利用持有合同的优势地位，胁迫员工签订不公平的合同条款，或者合同中存在欺诈、胁迫等情形，那么员工有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该合同。在这种情况下，合同的效力将受到影响。
总之，虽然签了合同但两份都在单位手里并不影响合同的效力，但可能引发一系列法律问题和风险。因此，员工应该要求单位提供合同副本，并在签订合同时保留证据。如果遇到问题或担忧，可以及时咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。