司机被不起诉的原因可能因具体案件而异，根据您提供的参考信息，这里有两个不同的案例说明了司机可能被不起诉的情况。

在第一个案例中，司机邱玉哲因犯危险驾驶罪被公安机关查获，但后续被城关区人民检察院决定不起诉。不起诉的主要原因是邱玉哲的犯罪情节轻微，并且他具有坦白、认罪认罚的情节。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于犯罪情节轻微且认罪态度良好的犯罪嫌疑人，可以依法从轻、减轻或者免除处罚。在这个案例中，检察院认为邱玉哲的行为虽然构成了危险驾驶罪，但鉴于其情节轻微且认罪认罚，因此决定对其不起诉。

在第二个案例中，司机马某涉嫌交通肇事罪，但最终也被检察院决定不起诉。这是因为检察院在审查案件过程中发现，虽然种种证据似乎都指向马某是肇事者，但这些证据之间存在矛盾，无法相互印证。特别是关于肇事车辆的鉴定意见与目击证人的证言存在不一致之处，且存在其他合理的怀疑和疑点。因此，检察院认为马某构成交通肇事罪的事实不清、证据不足，不符合起诉条件，决定对其不起诉。

综上所述，司机被不起诉的原因可能包括犯罪情节轻微、认罪态度良好以及证据不足等多种情况。在每个具体案件中，检察院都会根据案件的事实、证据和法律规定来综合考虑是否对司机起诉。