当农民的耕地被占用时，这确实是一个需要严肃对待的问题，因为它直接关系到农民的切身利益和农村的土地资源管理。针对这个问题，我可以为您详细解答应该向哪些部门寻求帮助以及具体的处理流程。

首先，自然资源部门（原国土资源部门）是处理非法占用农民耕地问题的主要监管部门。他们负责土地资源的管理和监督工作，有权对未经批准或采取欺骗手段占用耕地的行为进行调查处理。根据《土地管理法》的相关规定，自然资源部门可以责令退还土地、限期拆除建筑物并恢复耕种，同时还可以处以罚款。如果构成犯罪，他们还会将案件移送司法机关追究刑事责任。

除了自然资源部门，农业农村部门在涉及破坏永久基本农田耕作层等农业相关问题时，也会与自然资源部门联合执法，共同维护农民的耕地权益。

此外，乡镇人民政府（街道办事处）也扮演着重要角色。他们有权对本行政区域内的农村土地承包经营纠纷进行调解和处理。如果村委会调解不成，您可以向乡镇政府（街道办）提出申请，由他们依法调查处理，责令停止违法行为，恢复土地原状等。

在处理这类问题时，证据准备是非常关键的。您需要准备好相关证据，如土地承包经营权证、土地使用权证或其他能证明您合法权益的文件。这些证据将有助于相关部门更准确地了解情况，并作出公正的处理。

如果问题无法通过上述途径解决，您还可以考虑向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者向人民法院提起民事诉讼。仲裁机构或法院将依据法律法规和事实作出裁决，维护您的合法权益。

最后，如果发现侵占行为涉嫌犯罪，如盗窃罪、侵占罪或非法占用农用地罪等，您还可以直接向当地公安机关报案。公安机关将依法进行调查和处理，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

综上所述，面对农民耕地被占用的问题，您有多种途径可以寻求帮助和解决。根据具体情况选择合适的途径，并准备好充分的证据，是有效维护自身权益的关键。希望这些信息能对您有所帮助。