您好，针对您提出的“不签三方协议不给毕业证是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，这种做法是不合法的。

首先，我们需要明确毕业证的性质。毕业证是学生在完成学校规定的全部课程，并通过考核后，由学校颁发的证明其学历和学业完成情况的证书。它是对学生学习成果的认可，与是否签订三方协议并无直接关联。

接下来，我们分析学校以不签三方协议为由扣押毕业证的行为。这种行为实际上是将学生的毕业与学校的就业率考核挂钩，是一种不合理的行政规定。教育部及相关部门并未规定学生必须签订三方协议才能毕业，因此，学校以此为由扣押毕业证，缺乏法律依据。

从实际操作层面来看，有些学生可能由于各种原因（如未找到合适的工作、自主创业、继续深造等）并不需要或无法签订三方协议。如果学校因此扣押他们的毕业证，无疑是对他们合法权益的侵害。

此外，我还想提醒您，如果遇到类似情况，您有权维护自己的合法权益。您可以先尝试与学校进行沟通协商，表达自己的诉求和理由。如果沟通无果，您可以向当地的教育主管部门（如省教育厅）进行投诉或举报，寻求他们的帮助和支持。在极端情况下，您还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如向法院提起诉讼等。

最后，我想强调的是，学校应该尊重学生的选择和权益，不应该将毕业与就业等无关因素挂钩。同时，学生也应该了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。