针对您提出的“养殖用地占用了基本农田怎么处理”这一问题，这是一个涉及法律法规和土地管理的重要事项，需要谨慎对待。以下是我为您提供的详细解答：

一、明确基本原则

首先，必须明确的是，占用基本农田进行养殖业建设是受到严格限制的，因为基本农田是保障国家粮食安全的重要资源。在未经合法审批的情况下，任何占用基本农田的行为都是违法的，并可能面临严厉的法律后果。

二、违法行为的处理

1. 立即制止：一旦发现占用基本农田建设养殖场的行为，土地管理部门会立即责令停止违法行为，以防止对基本农田的进一步破坏。

2. 限期拆除与整改：

   • 对于未经合法审批手续在基本农田上建设的养殖场，相关部门将要求当事人在规定时间内自行拆除新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
   • 若养殖场建设经过部分合法程序，但存在不符合规定之处，或在满足一定条件下可补办手续使其合法化，当事人将被要求进行整改，如完善用地审批手续、调整养殖场布局等。

3. 行政处罚：违法当事人还将面临行政处罚，如罚款。罚款额度将根据违法情节的严重程度、占用农田的面积大小、对农田的损害程度以及当事人的整改态度等因素综合确定。

4. 刑事责任追究：若占用基本农田的数量较大，造成基本农田大量毁坏，达到《刑法》规定的犯罪标准，相关责任人将面临刑事责任的追究。

三、合法用地的途径

如果您确实需要在农田上进行养殖业建设，且该农田并非基本农田或符合特定条件下可以占用（如少量、直接为设施农业服务的附属设施占用，但有严格比例和条件限制），您应遵循以下合法途径：

1. 了解政策法规：详细了解当地关于基本农田保护、土地使用、养殖业发展以及环保等方面的最新政策和法规。

2. 咨询相关部门：向当地的农业部门、自然资源主管部门、环保部门等咨询具体的审批流程、要求及限制条件。

3. 提交申请与材料：按照要求向乡镇政府提出设施农业建设的用地预申请，并提交包括设施农业建设方案、用地协议等在内的相关材料。

4. 经过审批流程：依次经过乡镇政府初审、县级自然资源主管部门和农业农村主管部门审核、环境评估与审查等环节。

5. 签订用地协议与建设：经审核通过后，与农村集体经济组织或土地承包户签订正式的用地协议，并按照审核通过的建设方案进行设施农业建设。

6. 接受监管与检查：建设完成后，接受相关部门的实地验收，并确保在后续经营过程中严格遵守国家和地方的相关规定，特别是关于环境保护和土地利用方面的要求。

四、建议与预防

为避免此类违法行为的发生，我建议您在规划养殖场建设前务必了解并遵守国家关于土地利用的法律法规。如需占用耕地进行建设，应依法申请农用地转用审批手续，确保用地合法。同时，咨询当地政府部门或专业律师以获取准确的法律意见和指导也是非常重要的。

总之，养殖用地占用了基本农田是一个复杂且敏感的问题，必须严格遵循相关法律法规和审批流程。希望以上解答能对您有所帮助，如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时与我联系。