关于违法分包没收违法所得的确定问题，这是一个涉及法律法规、合同条款及财务资料等多方面因素的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、违法分包的界定
违法分包是指施工单位在承包工程后，违反法律法规规定或施工合同中的分包约定，将单位工程或分部分项工程分包给其他单位或个人施工的行为。这包括但不限于将工程分包给不具备相应资质条件的单位、未经建设单位认可擅自分包、将主体结构施工分包给其他单位，以及分包单位再次分包等情形。
二、违法所得的认定依据
法律法规：如《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》以及《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》等，这些法律法规明确了违法分包的情形及相应的法律责任，为违法所得的认定提供了法律依据。
合同与财务资料：违法分包合同及相关的财务资料，如收款凭证、发票、银行转账记录等，是认定违法所得的重要证据。通过审查这些资料，可以确定违法分包的实际收入与成本。
三、违法所得的计算方式
违法所得一般为违法分包人因违法分包工程所获得的全部收入减去为完成该分包工程所支出的合法成本。这里的“合法成本”应严格限于为完成该违法分包工程而实际发生的、合理的成本支出。同时，如果违法分包人在分包过程中获取了额外利益，如通过与供应商勾结抬高材料价格，这部分额外利益也应计入违法所得。
具体计算时，可以按照以下步骤进行：
确定总收入：根据违法分包合同及相关的财务资料，确定违法分包人因违法分包工程所获得的全部收入。
扣除合法成本：审查违法分包人的成本支出，扣除为完成该分包工程所支出的合法成本。
考虑额外利益：如果违法分包人在分包过程中获取了额外利益，应将其计入违法所得。
四、特殊情况处理
工程质量合格：即使违法分包的工程质量合格，也不改变违法分包行为的性质，所得利益仍属于违法所得，应依法予以没收。
部分履行合同：对于只履行了一部分的违法分包合同，应按照已履行部分所获得的收入扣除相应成本来计算违法所得。
五、法律责任与处罚
根据相关法律法规的规定，对实施违法分包的单位，除责令改正、没收违法所得外，还将处以罚款。罚款数额根据项目合同价款的一定比例确定，具体标准可能因地区和具体条款而有所不同。此外，相关责任单位和责任人还可能面临停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等其他法律责任。
六、建议与总结
为了避免违法分包行为的发生，各施工单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程项目的合法合规进行。同时，建议施工单位加强内部管理，提高法律意识，定期对分包行为进行自查自纠。对于已经发生的违法分包行为，应积极配合相关部门的调查处理，主动承担法律责任，以维护建筑市场的良好秩序。
综上所述，违法分包没收违法所得的确定是一个涉及多方面因素的复杂问题，需要综合考虑法律法规、合同条款及财务资料等多方面因素。希望以上解答能对您有所帮助。