结论：迟到一次扣全勤是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度：

   • 规章制度合法性：公司规章制度是公司管理员工的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果公司规章制度中明确规定了迟到一次即扣全勤，且该制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向员工进行了公示或告知，那么该制度在合法性上通常是站得住脚的。
   • 规章制度合理性：即便规章制度合法，其合理性也是需要考虑的因素。迟到一次扣全勤，对于偶尔迟到的员工来说，可能显得过于严厉。合理的规章制度应当考虑到员工的实际情况，如交通拥堵、突发情况等，并设定一定的宽容度或补救措施。

2. 劳动合同角度：

   • 合同约定：劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了迟到一次扣全勤的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款对双方均具有约束力。
   • 合同变更：如果劳动合同中没有明确规定，或者规定不明确，公司不能单方面以规章制度为由扣全勤。此时，双方可以通过协商变更劳动合同内容，或者依据公司规章制度和实际情况进行合理调整。

3. 相关法律法规角度：

   • 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司应当按照劳动合同约定或国家规定，向员工及时足额支付劳动报酬。全勤奖作为工资的一部分，其扣除应当有合法依据和合理理由。
   • 劳动纪律与奖惩：公司有权制定劳动纪律和奖惩制度，但必须符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。迟到一次扣全勤，如果缺乏合理依据或过于严厉，可能构成对员工权益的侵犯。

法律建议：

• 对于员工：如果认为公司扣全勤的行为不合理或违法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣全勤的依据和理由。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：在制定规章制度和劳动合同条款时，应当充分考虑员工的实际情况和合法权益，确保制度的合法性和合理性。同时，在执行制度时，也应当遵循公平、公正、公开的原则，避免侵犯员工的权益。

可能后果：

• 如果公司扣全勤的行为被认定为违法或不合理，可能需要向员工支付被扣的全勤工资，并可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的裁决。
• 如果员工认为公司扣全勤的行为侵犯了自己的权益，并采取了法律手段进行维权，那么公司可能需要承担相应的法律责任和诉讼成本。