当事人不同意适用小额诉讼程序时，法院通常会尊重当事人的意愿，并可能将案件转为普通程序进行审理。以下是对此问题的详细分析：

一、小额诉讼程序的基本特点

小额诉讼程序是民事诉讼法中规定的一种简化程序，旨在快速、高效地解决标的额较小的民事纠纷。它通常具有审理期限短、程序简便、一审终审等特点。然而，这种程序也限制了当事人的部分诉讼权利，如上诉权等。

二、当事人不同意适用小额诉讼程序的原因

1. 对程序公正性的担忧：当事人可能认为小额诉讼程序过于简化，无法充分保障其诉讼权利，如举证、质证、辩论等。
2. 对一审终审的不满：小额诉讼程序实行一审终审，当事人可能担心判决结果不公正，且无法通过上诉来纠正。
3. 案件复杂性的考虑：尽管案件标的额较小，但当事人可能认为案件涉及的法律关系复杂，需要更详细的审理和论证。

三、当事人不同意适用小额诉讼程序的处理方式

1. 法院尊重当事人意愿：根据民事诉讼法的相关规定，当事人有权选择是否适用小额诉讼程序。如果当事人明确表示不同意，法院通常会尊重其意愿，并考虑将案件转为普通程序进行审理。
2. 转为普通程序审理：在转为普通程序后，案件将按照普通程序的审理规则进行，包括更长的审理期限、更详细的审理过程以及当事人享有的上诉权等。
3. 法院的裁量权：虽然当事人有权选择是否适用小额诉讼程序，但法院在特定情况下也可能根据案件性质、标的额大小等因素，决定是否适用小额诉讼程序。然而，这种裁量权应受到严格限制，以确保当事人的诉讼权利得到充分保障。

四、法律建议

1. 明确表达意愿：如果当事人不同意适用小额诉讼程序，应在法院询问时明确表达自己的意愿，并说明理由。
2. 了解程序差异：在表达不同意适用小额诉讼程序的意愿前，当事人应充分了解小额诉讼程序与普通程序的差异，以便做出更明智的选择。
3. 积极准备证据：无论案件适用哪种程序审理，当事人都应积极准备证据，以支持自己的主张。在转为普通程序后，当事人有更多的时间和机会来收集和提交证据。

五、可能的法律后果

1. 审理期限延长：转为普通程序后，案件的审理期限将延长，当事人需要做好相应的准备。
2. 诉讼成本增加：普通程序相对于小额诉讼程序而言，诉讼成本可能更高，包括律师费、诉讼费等。
3. 上诉权恢复：在普通程序下，当事人享有上诉权，如果对一审判决结果不满，可以通过上诉来寻求救济。

总之，当事人不同意适用小额诉讼程序时，法院通常会尊重其意愿并考虑将案件转为普通程序进行审理。当事人在表达不同意意愿前，应充分了解程序差异并积极准备证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。