当国有土地被个人占用时，这确实是一个需要依法严肃处理的问题。以下是我为您提供的详细、有深度的处理建议：
一、明确法律责任与性质
首先，要明确个人占用国有土地是违法行为。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，将由县级以上人民政府自然资源主管部门进行处罚。这包括责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，还会限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，则没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。如果行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
二、具体处理措施
责令退还土地：
- 自然资源主管部门在发现个人非法占用国有土地后，会首先责令其退还非法占用的土地。这是处理此类问题的首要步骤。
拆除或没收建筑物和设施：
- 对于在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，如果违反了土地利用总体规划，特别是擅自将农用地改为建设用地的情况，自然资源主管部门会限期拆除这些建筑物和设施，并恢复土地原状。
- 如果符合土地利用总体规划，但属于非法占用，则会没收这些建筑物和设施。
罚款：
- 除了责令退还土地和拆除/没收建筑物和设施外，自然资源主管部门还可以对个人处以罚款。罚款的具体数额会根据违法情节的严重程度来确定，以确保处罚的公正性和合理性。
刑事责任追究：
- 如果个人的行为构成了犯罪，如非法占用农用地罪等，自然资源主管部门会依法将案件移送司法机关，追究其刑事责任。
三、处理流程
立案调查：
- 自然资源主管部门在接到举报或发现个人非法占用国有土地的行为后，会进行立案调查，收集相关证据，包括现场勘测笔录、询问笔录等，以确保调查的准确性和完整性。
作出处理决定：
- 根据调查结果，自然资源主管部门会依法作出处理决定，包括责令退还土地、拆除/没收建筑物和设施、罚款以及是否追究刑事责任等。处理决定会明确告知个人其违法事实、处罚依据和处罚内容。
执行处理决定：
- 个人在收到处理决定后，必须按照决定的要求履行义务，如退还土地、拆除建筑物和设施、缴纳罚款等。如果拒不履行，自然资源主管部门可以采取强制措施来执行处理决定，如申请人民法院强制执行等。
四、建议与注意事项
增强法律意识：
- 个人应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，不要非法占用国有土地。这是预防此类问题发生的根本措施。
及时咨询专业律师：
- 如果面临相关问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。律师可以提供专业的法律意见和帮助，协助个人处理复杂的法律问题。
配合政府工作：
- 在政府进行处理时，个人应积极配合政府的工作，如实提供相关信息和资料，以便政府能够准确、公正地作出处理决定。配合政府工作是解决问题的关键一步。
关注长效治理机制：
- 除了处理具体的违法行为外，还应关注长效治理机制的建设。例如，构建网格化监管体系、完善举报奖励制度、强化法治宣传教育等，这些措施有助于预防类似问题的再次发生，维护土地资源的合理利用和保护。
综上所述，处理国有土地被个人占用的问题需要依法进行，明确法律责任与性质、采取具体处理措施、遵循处理流程，并关注建议与注意事项。希望这些建议能对您有所帮助。