关于公司按最低标准交公积金是否合法的问题，这主要取决于员工的实际工资水平与当地规定的最低缴存基数之间的关系，以及公司是否遵循了《住房公积金管理条例》的相关规定。

首先，我们要明确的是，根据《住房公积金管理条例》的规定，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资与规定的缴存比例来确定。这意味着，公积金的缴纳应当与员工的实际工资挂钩，而非简单地按照最低标准来执行。

合法情形：

• 如果员工的月工资收入低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数，那么单位按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。例如，若当地最低缴存基数为2000元，而某员工月工资为1800元，单位按2000元为基数缴纳即为合法。

不合法情形：

• 如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，但单位却统一按最低标准缴纳，这则违反了《住房公积金管理条例》的规定。比如，员工上一年度月平均工资为8000元，而单位却按当地最低缴存基数2000元来缴纳，这种做法是不合法的。

对员工权益的影响：

• 按照最低标准缴纳公积金会导致员工每月公积金账户的入账金额减少，长期累积下来，公积金账户的总额将明显低于按实际工资缴纳的情况。
• 公积金贷款额度往往与公积金账户余额、缴存基数等因素紧密相关。较低的缴存基数可能会降低员工在购房时可申请的公积金贷款额度，从而增加其购房的资金压力。

员工应对措施：

• 如果您发现公司按最低标准缴纳公积金，而您的实际工资高于当地最低缴存基数，首先应与公司沟通协商，要求调整缴存基数。
• 如果协商不成，您可以向当地住房公积金管理中心投诉举报，由管理中心责令单位限期改正；逾期不改的，管理中心可对单位处以罚款。
• 如果因为公司未足额缴纳公积金给您造成了实际损失，您还可以通过劳动仲裁或诉讼的方式要求公司赔偿损失。

综上所述，公司按最低标准交公积金的合法性取决于员工的实际工资水平与当地最低缴存基数的关系。作为员工，您应了解自己的权益，并在必要时采取相应措施维护自己的合法权益。