少部分赃款在检察院退，不影响自首的认定。以下是详细分析：
自首的定义：
- 自首指的是犯罪行为发生后，犯罪人主动前往公安、司法机关或其他相关部门，如实交代自己所犯下罪行的行为。这是一种主动承担责任的表现。
退赃与自首的关系：
- 退赃这一行为本身并不会影响自首的判定。无论犯罪嫌疑人在投案自首之前是否退还赃款，只要其出于自身意愿主动到相关机关投案，并如实供述自己的罪行，就可以被认定为自首。
- 退赃和自首的认定没有必然联系。退赃是犯罪嫌疑人对自己行为的一种悔过表现，而自首是犯罪嫌疑人主动投案并如实供述罪行的行为。
退赃对量刑的影响：
- 在司法实际操作中，退赃是一个可以被考虑从轻处罚的情节。当犯罪嫌疑人主动退还赃款时，这体现出他们有一定的悔悟之心和改过之意。
- 法院在量刑时，会综合多方面因素进行考量。在已经认定自首可以从轻处罚的基础上，如果犯罪嫌疑人还有主动退赃的行为，那么就有可能得到进一步从轻量刑的结果。
综上所述，少部分赃款在检察院退，并不会影响自首的认定。同时，退赃行为在量刑时可能会被视为一个积极因素，从而有助于犯罪嫌疑人获得更轻的刑罚。如果你还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。