核心结论：企业善意取得虚开发票，在所得税处理上不能将虚开发票作为合法有效的税前扣除凭证，但若能重新取得合法有效凭证等，可按规定进行税前扣除；若无法重新取得，可能面临纳税调增等不利税务后果，同时还可能面临税务行政处罚等风险。以下是详细分析：
善意取得虚开发票的认定
根据相关规定，纳税人受票方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，受票方纳税人提出合法凭据请求时，应当向税务机关提供相关证明材料，经税务机关核实后，方可作为合法有效凭证。而善意取得虚开发票，通常是指购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
企业所得税处理
- 不能直接作为税前扣除凭证
- 企业所得税税前扣除需要遵循真实性、合法性、关联性原则。虚开发票本身不具有合法性，即使企业是善意取得，也不能直接将其作为企业所得税税前扣除的合法凭证。因为税前扣除凭证是计算企业所得税应纳税所得额时，证明与取得收入有关的、合理的支出实际发生，并据以税前扣除的各类凭证。虚开发票无法真实反映企业的实际支出情况，不符合税前扣除凭证的要求。
- 例如，某企业善意取得了一张虚开的原材料采购发票，金额为100万元。在进行企业所得税汇算清缴时，由于该发票是虚开的，不能直接将这100万元作为原材料采购成本在税前扣除。
- 重新取得合法有效凭证后的处理
- 如果企业在发现取得虚开发票后，能够重新从销售方取得合法、有效的发票，那么可以按照规定将重新取得的发票作为税前扣除凭证。企业应在当年度企业所得税汇算清缴期结束前取得合法有效的税前扣除凭证，否则相关支出不得在发生年度税前扣除，应在进行企业所得税汇算清缴时作纳税调增处理，在以后年度取得符合规定的发票等税前扣除凭证，相应支出可以追补至该支出发生年度扣除，但追补年限不得超过五年。
- 比如，上述企业在发现取得虚开发票后，及时与销售方沟通，重新取得了合法有效的原材料采购发票，那么就可以在当年度企业所得税汇算清缴时，将该发票作为税前扣除凭证，将100万元的原材料采购成本在税前扣除。
- 无法重新取得合法有效凭证的处理
- 若企业无法重新取得合法有效的税前扣除凭证，那么相关支出不得在发生年度税前扣除，应在进行企业所得税汇算清缴时作纳税调增处理。这意味着企业需要多缴纳企业所得税，增加企业的税务负担。
- 例如，由于销售方已经注销等原因，企业无法重新取得合法有效的发票，那么这100万元的原材料采购成本就不能在税前扣除，企业需要按照应纳税所得额的计算方法，将这100万元加回到利润总额中，计算应缴纳的企业所得税。
其他风险
- 税务行政处罚
- 即使企业是善意取得虚开发票，税务机关仍可能对企业进行税务行政处罚。根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，企业取得虚开发票的行为违反了税收征管规定，税务机关可以根据情节轻重，对企业处以罚款等行政处罚。
- 例如，税务机关可能会根据企业取得虚开发票的金额大小、情节严重程度等因素，对企业处以一定比例的罚款。
- 影响企业纳税信用等级
- 企业善意取得虚开发票的行为可能会影响其纳税信用等级。纳税信用等级是税务机关根据纳税人履行纳税义务情况，对纳税人在一定周期内的纳税信用所评定的级别。取得虚开发票等违规行为可能会导致企业纳税信用等级降低，从而影响企业在税务方面的优惠待遇、发票领用等方面的权益。
企业在经营过程中应加强对发票的管理和审核，避免取得虚开发票。如果发现取得虚开发票，应及时采取措施，尽量降低税务风险。如果你还有其他关于税务法律方面的问题，可以直接向我咨询。