当在高速公路上被查到超员时，处理流程主要依据相关法律法规进行，以下将为您详细阐述：

一、超员行为的认定与处罚

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，公路客运车辆若载客超过额定乘员，将面临罚款处罚。具体来说：

• 一般超员情况：若载客超过额定乘员但未达到百分之二十，将处以二百元以上五百元以下的罚款。
• 严重超员情况：若载客超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货，罚款金额将提升至五百元以上二千元以下。

此外，若存在上述超员行为，公安机关交通管理部门有权扣留机动车，直至违法状态消除。对于运输单位的车辆，若存在超员情况，还将对直接负责的主管人员处以二千元以上五千元以下的罚款。

二、非法营运与超员的联合处理

若超员车辆同时涉嫌非法营运（即未取得道路运输经营许可，擅自从事道路旅客运输经营），则将面临更为严厉的处罚。以您提供的案例为例：

• 案例背景：一辆9座小型普通客车，实际载客13人（含司机），且该车涉嫌非法营运。
• 处理结果：公安交警部门对超员行为依法作出行政处罚；同时，因涉嫌非法营运，交通运输执法机构也对该车进行了处罚，包括罚款并责令立即整改。此外，乘客被安全转运。
• 法律依据：非法营运行为依据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条第二项进行处罚，罚款金额根据违法所得或载客人数等因素确定。

三、乘客的权益与举报途径

• 乘客权益：乘客有权拒绝乘坐超员和非法营运车辆，以保障自身安全。若已乘坐此类车辆，有权要求司机立即停车并下车，或向相关部门举报。
• 举报途径：乘客若发现客车有超载行为，可向公安机关交通管理部门反映。相关部门将依法核实处理，并保护举报人的合法权益。

四、建议与启示

• 遵守交通法规：无论是驾驶员还是乘客，都应严格遵守交通法规，不超员、不非法营运，共同维护道路交通安全。
• 选择合法营运车辆：出行时，请选择乘坐合法营运、手续齐全、保险齐备的出租汽车和公共汽车，拒乘非法营运车辆。
• 增强安全意识：提高安全意识，不抱有侥幸心理，确保自己和他人的生命财产安全。

综上所述，高速查到超员时，将依据相关法律法规对超员行为和非法营运行为进行处罚。乘客应增强安全意识，选择合法营运车辆，并在发现超员或非法营运行为时及时向相关部门举报。