被挂靠单位在特定情况下可以主张工程款，但具体能否主张及主张的方式需根据实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同关系角度
直接合同关系：
- 若被挂靠单位与发包人直接签订了建设工程施工合同，并且该合同合法有效，那么被挂靠单位作为合同一方主体，有权依据合同约定向发包人主张工程款。这种情况通常出现在地方政策要求必须具备一定资质的企业作为合同签订方时。
表见代理：
- 若被挂靠单位虽未直接与发包人签订合同，但其行为（如允许挂靠人使用其名义、提供资质文件等）导致发包人有合理理由相信挂靠人是代表被挂靠单位进行施工，构成表见代理。此时，被挂靠单位同样可以向发包人主张工程款，但需提供充分证据证明表见代理的存在，如挂靠人以被挂靠单位名义与发包人进行的沟通记录、被挂靠单位对挂靠人施工行为的默认或支持等。
二、实际履行角度
- 实际参与施工管理：
- 如果被挂靠单位在施工过程中实际参与了工程管理，如派遣技术人员、管理人员对工程质量、进度等进行把控，提供了部分施工设备或材料等，那么它可以基于其实际投入和贡献，向发包人或挂靠人主张相应的工程款份额。这要求被挂靠单位提供确凿的证据证明其实际参与和投入，如施工管理记录、设备材料供应记录等。
三、挂靠协议角度
- 与挂靠人的约定：
- 虽然挂靠行为本身违法，但如果被挂靠单位与挂靠人之间签订的挂靠协议中明确约定了在特定条件下被挂靠单位可以主张工程款，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不损害国家、集体或第三人利益），那么在符合约定条件时，被挂靠单位可以依据该协议向挂靠人主张权利。然而，由于挂靠协议的无效性（因违反法律强制性规定），这种约定在法律上的效力可能受到质疑，因此需谨慎对待，并尽可能提供其他证据支持其主张。
四、法律法规角度
挂靠行为的违法性：
- 挂靠行为违反了《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的禁止性规定，因此挂靠合同或协议在法律上往往是无效的。这意味着被挂靠单位不能简单地依据挂靠合同来主张工程款，而需要依据其他法律事实和证据来支持其主张。
实际情况的复杂性：
- 尽管挂靠合同无效，但实际情况往往复杂多变。如果实际施工人（挂靠人）已经完成了工程并经验收合格，根据“事实行为产生法律效力”的原则，实际施工人有权要求支付工程款。此时，被挂靠单位可能因工程款流经其账户而涉及其中，但能否主张工程款需根据具体情况判断。例如，如果被挂靠单位已经将工程款支付给挂靠人，或者挂靠人已经直接从发包人处领取了工程款，那么被挂靠单位可能无法再主张工程款。
五、综合建议与风险提示
寻求专业帮助：
- 在处理被挂靠单位主张工程款的问题时，由于涉及复杂的法律关系和证据收集，建议被挂靠单位寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。
遵守法律法规：
- 提醒各方当事人遵守法律法规，避免采取违法的挂靠行为。挂靠行为不仅可能导致工程款主张困难，还可能引发其他法律纠纷和经济损失。
完善合同与证据：
- 如果被挂靠单位确实需要与挂靠人合作，建议签订合法有效的合同（尽管不能是挂靠合同），并明确双方的权利义务关系。同时，在施工过程中注意收集和保存相关证据，以备不时之需。
示例说明：
假设某被挂靠单位A与发包人B签订了建设工程施工合同，但实际施工由挂靠人C完成。在施工过程中，A单位派遣了技术人员对工程质量进行把控，并提供了部分施工设备。工程完工后经验收合格，但B单位未支付工程款。此时，A单位可以基于其与B单位的合同关系以及实际参与施工管理的事实，向B单位主张工程款。同时，如果A单位与C之间有关于工程款分配的约定（且该约定不违法），A单位也可以依据该约定向C主张相应的工程款份额。
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