永久基本农田主要由县级以上地方人民政府负责管理，具体由自然资源主管部门和农业农村主管部门按照职责分工进行监管。以下是对这一问题的详细解释：
一、管理主体
县级以上地方人民政府：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，永久基本农田的管理责任主要落在县级以上地方人民政府肩上。这些政府需要负责本行政区域内永久基本农田的保护、利用和管理工作。
自然资源主管部门：自然资源主管部门是永久基本农田管理的重要部门，负责土地资源的调查、规划、管理、保护和合理利用等工作。在永久基本农田的管理中，自然资源主管部门会负责划定永久基本农田的范围、制定保护措施、监督使用情况等。
农业农村主管部门：农业农村主管部门也参与永久基本农田的管理，主要负责农业生产的指导和服务工作。在永久基本农田的保护和利用中，农业农村主管部门会提供农业技术指导、推广先进农业技术、监督农业投入品的使用等，以确保永久基本农田的农业生产功能得到充分发挥。
二、管理内容
划定与保护：永久基本农田的划定是管理的基础工作，需要依据土地利用总体规划和相关法律法规进行。划定后，需要采取一系列保护措施，如设立保护标志、建立保护档案、加强巡查监管等，以确保永久基本农田不被非法占用或破坏。
利用与监管：永久基本农田的利用需要遵循相关法律法规和规划要求，确保土地资源的合理利用和可持续发展。同时，需要加强对永久基本农田使用情况的监管，及时发现和纠正违法行为，保障土地资源的合法使用。
三、法律责任
对于非法占用或破坏永久基本农田的行为，相关法律法规规定了严格的法律责任。包括责令限期改正、恢复原状、罚款等行政处罚措施，以及可能涉及的刑事责任。这些法律责任旨在保护永久基本农田的完整性和可持续性，维护国家粮食安全和生态安全。
四、实际案例与操作建议
在实际操作中，如果发现有人非法占用或破坏永久基本农田，可以向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门举报。这些部门会依法进行调查处理，并采取相应的措施保护永久基本农田。同时，作为土地使用者或管理者，也应该自觉遵守相关法律法规和规划要求，合理利用和保护永久基本农田。
如果您在永久基本农田的管理、利用或保护方面遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。