结论：车辆因自然灾害被水淹，保险是否能赔需分情况讨论，主要取决于是否购买了相应的保险险种以及保险条款的具体约定。以下是详细分析：

1. 如果购买了车损险：

   • 赔偿情况：根据现行的机动车商业保险示范条款，车损险的保险责任已经包含了“暴雨、洪水、台风、冰雹等自然灾害造成的车辆损失”。因此，如果车辆是因为暴雨、洪水等自然灾害被水淹，且购买了车损险，保险公司通常会进行赔偿。
   • 注意事项：需要留意保险条款中是否有对“自然灾害”的明确定义，以及是否有对“水淹”情况的具体说明（如是否要求车辆在静止状态下被淹等）。此外，及时报案并保留好相关证据（如现场照片、视频等）也是顺利获得赔偿的关键。

2. 如果未购买车损险，但购买了涉水险（现已并入车损险）：

   • 历史情况说明：在车险改革前，涉水险是作为车损险的附加险存在的，专门保障车辆因涉水行驶导致的发动机损坏。但自车险改革后，涉水险的责任已被并入车损险中，因此这一情况现在主要适用于改革前的保单。
   • 赔偿情况（改革前）：如果车辆是在涉水行驶过程中被淹，且仅购买了车损险而未购买涉水险，那么发动机的损坏可能不在赔偿范围内。但如果购买了涉水险，则发动机损坏也可以获得赔偿。

3. 如果既未购买车损险，也未购买涉水险（或改革前未购买涉水险）：

   • 赔偿情况：在这种情况下，车辆因自然灾害被水淹造成的损失，保险公司通常不会进行赔偿。因为车损险是保障车辆本身损失的基础险种，而涉水险（改革前）则是针对特定风险的附加险种。

4. 其他注意事项：

   • 免赔额和免赔率：有些保险条款中可能规定了免赔额或免赔率，即保险公司不承担的部分损失。需要仔细阅读保险条款，了解这些规定。
   • 二次启动造成的损失：如果车辆在水中熄火后，驾驶员尝试二次启动导致发动机进一步损坏，这种损失可能不在保险赔偿范围内。因为二次启动通常被视为人为扩大损失的行为。
   • 及时报案和定损：发现车辆被淹后，应立即联系保险公司报案，并按照保险公司的指导进行后续操作。同时，保留好相关证据以便定损和理赔。