在限速40公里/小时的路段驾驶车辆行驶至49公里/小时，属于超速行驶，一般会面临警告或罚款的处罚，通常不扣分，但具体处罚需结合地方规定及实际情节判断。以下是详细分析：

1. 超速比例计算与处罚依据
   根据《道路交通安全法》及实施条例，超速处罚以实际车速与限速的差值比例为核心依据。本案中，超速比例为\((49-40)\div40\times100\%=22.5\%\)，属于“超过规定时速20%以上未达50%”的区间。但需注意，部分地区对限速40公里/小时的路段有特殊规定，例如将超速20%以下（即车速不超过48公里/小时）视为“低速超速”，可能仅给予警告或较轻罚款。

2. 具体处罚措施

   • 一般情况：若当地未对限速40路段设置特殊规则，超速22.5%可能面临200元以下罚款（常见为50-200元），并不扣分（根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，普通道路超速20%以下不扣分，部分地区对限速40路段可能放宽至超速50%以下不扣分）。
     
   • 特殊情况：若路段属于学校区域、医院周边等敏感地带，或驾驶人存在其他违法行为（如遮挡号牌、无证驾驶），处罚可能升级为罚款200-500元、扣3-6分，甚至吊销驾照。
     
   • 地方差异：部分城市（如深圳、上海）对限速40路段超速的容忍度更低，可能直接按“超速20%以上”标准处罚（罚款200元、扣3分），需以当地交管部门公告为准。

3. 建议处理方式

   • 查询地方细则：通过当地交警官网或APP查询具体路段的限速规则及处罚标准。
     
   • 接受处罚：若收到罚单，需在15日内缴纳罚款，逾期可能产生滞纳金。
     
   • 申请复核：若认为处罚有误（如测速设备故障、路况特殊），可向交管部门申请行政复议或提起行政诉讼。

温馨提示：超速行驶会显著增加事故风险，尤其在限速40的路段（多为学校、居民区或弯道），建议严格遵守限速规定，保障自身及他人安全。如有其他交通法律问题，欢迎随时向我咨询。