签订协议程序违规，协议的效力需根据具体情况来判断，不能一概而论说有效或无效。以下从不同角度为你详细分析：
程序违规但内容合法合规
一般不影响效力：如果签订协议的程序存在违规，但协议的内容本身并不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议通常仍然有效。例如，某些内部审批流程未严格遵循，但协议双方意思表示真实，且协议内容合法，这样的协议一般不会因程序违规而被认定为无效。
可能面临行政处罚：尽管协议内容合法，但程序违规可能使协议签订方面临行政处罚。例如，未按照法定程序进行招标而签订的合同，虽然合同内容可能合法，但相关方可能因违反招标投标法而受到行政处罚。
程序违规且内容违法违规
协议无效：如果签订协议的程序违规，且协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议将被认定为无效。例如，未经批准擅自签订的土地转让协议，因违反土地管理法的强制性规定而无效。
法律后果：一旦协议被认定为无效，它将自始没有法律约束力。这意味着行为人因该协议取得的财产应当予以返还；不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿；有过错的一方应赔偿对方因此受到的损失；如果各方都有过错，则各自承担相应的责任。
特殊情形下的效力认定
强制性规定不导致无效：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为并非绝对无效。如果该强制性规定不导致民事法律行为无效，或者存在其他例外情形，那么即使程序违规，协议也可能仍然有效。例如，某些管理性强制性规定，如未取得特定资质证书而签订的合同，虽然可能面临行政管理部门的处罚，但并不一定导致协议无效。
公序良俗的考量：在判断协议效力时，公序良俗也是一个重要的考量因素。如果协议内容严重违背伦理道德和公序良俗，如限制他人婚姻自由的协议或约定进行代孕的协议，那么即使程序合规，该协议也将被认定为无效。
建议与注意事项
严格遵守法定程序：在签订协议时，务必严格遵守法定程序，确保协议的合法性和有效性。这不仅可以避免可能的法律纠纷和损失，还可以维护双方的合法权益。
审查协议内容：除了程序合规外，协议的内容也必须合法合规。在签订协议前，应仔细审查协议条款，确保不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。
寻求专业法律意见：如果对协议的效力存在疑问或不确定的情况，建议及时咨询专业律师以获取更详细的法律意见。律师可以根据具体情况为你提供针对性的建议和指导，帮助你更好地维护自身权益。
总之，签订协议程序违规并不意味着协议一定无效。协议的效力需根据具体情况来判断，包括程序违规的程度、协议内容的合法性以及是否存在其他例外情形等。如果你在签订协议过程中遇到任何法律问题或疑问，可以直接向我咨询。