结论前置：有案件的公司通常不可以直接注销，但在特定条件下，如案件妥善解决且完成合法清算程序后，可以依法申请注销。以下从不同情况详细分析：
一、法律框架下的注销条件
债权债务清理完毕：
- 根据《公司法》及相关规定，公司注销前必须完成清算程序，包括清理债权债务、通知债权人申报债权等。若公司涉及案件，需确保案件涉及的债务已清偿或通过和解、调解等方式妥善解决，并获得法院确认。
- 例子：某公司因合同纠纷被起诉，双方在诉讼过程中达成和解，并签署和解协议。公司按照协议履行了赔偿义务，原告撤诉后，公司可启动注销流程。
特殊情形下的简易注销：
- 对于部分轻微违法案件，如行政处罚已整改并缴纳罚款，通常不影响注销。但涉及刑事犯罪或重大民事纠纷的案件，注销申请可能会被驳回。
- 例子：某公司因税务逾期申报被罚款，缴清罚款后，可正常办理注销手续。
破产清算路径：
- 若公司资不抵债，可通过破产程序注销。法院指定管理人接管资产，按法定顺序清偿债务后，剩余财产分配完毕即可终结公司主体资格。
- 例子：某企业因经营不善进入破产清算程序，经公告无异议后完成注销。
二、实际操作中的限制与风险
隐瞒案件信息的风险：
- 部分公司可能试图通过伪造清算报告、隐瞒诉讼进展等方式骗取登记机关核准注销。这种行为虽可能暂时成功，但一旦被发现，将面临严重的法律后果。
- 法律后果：债权人可依据《民法典》追究股东、清算组成员的责任；市场监管部门可撤销注销登记，并对公司及相关责任人处以罚款；涉嫌犯罪的，还可能被追究刑事责任。
地方政策差异：
- 不同地区对“案件是否影响注销”的认定标准可能存在差异。部分地区要求提供法院出具的“无未结案件证明”，而另一些地区可能仅依赖公司自行承诺。
- 建议：在注销前，务必了解并遵守当地政策，确保所有法律事务已妥善处理。
三、合规注销的建议
主动履行义务：
- 优先通过协商、调解或诉讼等方式解决案件，确保债务清零。这是注销的前提条件，也是避免后续法律风险的关键。
完整披露信息：
- 向登记机关提交全部法律文书，如结案通知书、和解协议等，以证明公司已妥善处理所有法律事务。
遵循法定程序：
- 严格按照《公司法》及相关规定进行清算，包括成立清算组、通知债权人、清理财产、清缴税款等步骤。确保清算程序的合法性和完整性。
关注执行案件：
- 若公司存在执行案件，必须履行完相关债务或法律义务，或经过合法清算程序并确保债务得到妥善处理后方可进行注销。否则，可能面临法院强制措施和刑事责任。
总结与启示：有案件的公司注销并非绝对禁止，但需满足严格的法律程序和条件。公司应主动履行义务、完整披露信息、遵循法定程序，并关注执行案件的处理情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。