行政许可与行政协议是两种截然不同的行政行为方式，它们在多个方面存在显著差异。以下是对这两者的详细比较：

1. 概念和定义

   • 行政许可：根据《中华人民共和国行政许可法》第二条，行政许可是指行政机关根据公民、法人或其他组织的申请，经依法审查后准予其从事特定活动的行为。例如，企业申请食品生产许可证，就是典型的行政许可行为。
   • 行政协议：根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第一条，行政协议是行政机关为实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。如政府与企业签订的国有土地出让合同，即属于行政协议。

2. 行为性质与法律依据

   • 行政许可：属于单方行政行为，由行政机关单方面决定，无需与申请人协商。其主要依据为《中华人民共和国行政许可法》，该法详细规定了行政许可的设定、实施、监督等各个环节。
   • 行政协议：属于双方行政行为，需行政机关与相对人协商一致后订立。虽然我国尚无专门的行政协议法，但《中华人民共和国民法典》及其他相关法律法规中有关于行政协议的规定，实践中需参照相关法律、法规和规章执行。

3. 目的与功能

   • 行政许可：主要目的是对社会事务进行事前控制和管理，通过设定条件和标准筛选符合要求的申请人，以保障公共安全、公共利益和社会秩序。如卫生部门对医疗机构的设置许可审批，就是为了确保医疗机构具备必要的条件和资质，从而保障公众的健康安全。
   • 行政协议：旨在实现行政管理或公共服务目标，通过行政机关与相对人的合作提高管理效率和服务质量。例如，政府与企业签订污水处理协议，就是为了共同改善环境质量，实现公共利益的最大化。

4. 程序差异

   • 行政许可：通常包括申请、受理、审查、决定等步骤，行政机关在作出决定前需严格审查申请人的资格和条件。这一程序确保了行政许可的合法性和有效性。
   • 行政协议：涉及协商、订立、履行、变更和解除等环节，双方可就协议内容进行充分讨论和协商。这一程序体现了行政协议的灵活性和合作性。

5. 当事人地位

   • 行政许可：行政机关处于主导地位，申请人被动接受审查。行政机关有权决定是否给予许可，申请人只能按要求提供材料并接受审查。
   • 行政协议：虽然行政机关具有一定的优益权，但在协议订立阶段双方地位相对平等，均有表达意愿和协商的权利。这体现了行政协议的平等性和协商性。

6. 法律救济途径

   • 行政许可：申请人对行政许可决定不服时，可通过行政复议或行政诉讼进行救济。复议机关或法院将审查决定的合法性并作出裁决。
   • 行政协议：若行政机关或相对人对协议执行有争议，同样可申请行政复议或提起行政诉讼。此外，由于行政协议具有合同性质，双方还可选择仲裁或民事诉讼等方式解决争议。这提供了多种法律救济途径，以保障当事人的合法权益。

总结与建议： 行政许可与行政协议在概念、性质、法律依据、目的、程序以及救济途径等方面均存在显著差异。在实践中，应根据具体情况选择合适的行政行为方式。如果您对行政许可或行政协议有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。