补充协议和合同在法律上存在明显的区别，主要体现在以下几个方面：
定义与性质：
- 合同：是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。它是对整个交易或合作的详细规划和具体安排，具有全面性和独立性。合同一旦成立并生效，就对双方当事人具有法律约束力。
- 补充协议：则是对原合同未尽事宜或合同履行过程中出现的新情况、新问题进行的补充约定。它依附于原合同而存在，是对原合同的细化和完善，不具有独立性。补充协议的内容应当是原合同的非主要内容或条款，旨在进一步明确或修改原合同中的某些特定事项。
内容范围：
- 合同：内容较为全面、完整，涉及交易或合作的所有关键要素，包括但不限于服务内容、期限、质量标准、费用及支付方式、权利义务、违约责任等。合同是双方交易或合作的基础和依据。
- 补充协议：内容相对单一、具体，主要针对原合同中未涉及的特定事项进行约定，或对原合同中的某些条款进行进一步的明确、修改或补充。它不涉及原合同的其他内容，仅对特定事项进行细化或调整。例如，在买卖合同中，如果双方需要变更交货地点或付款方式，就可以通过签订补充协议来明确这些变化。
签订时间与程序：
- 合同：通常在双方就交易或合作的主要事项达成一致后，在交易或合作开始前签订。合同的签订程序可能相对复杂，需要经过双方协商、起草、审核、签字盖章等多个环节。
- 补充协议：一般在原合同签订之后，在合同履行过程中，当出现原合同未约定或约定不明确的事项，或者客观情况发生变化需要对原合同条款进行调整时签订。补充协议的签订程序相对灵活简便，双方当事人就补充事项达成一致意见后，签字或盖章确认即可生效。
法律效力：
- 无论是合同还是补充协议，只要其内容合法、有效，且与原合同或协议一致，它们都具备与原合同同等的法律效力。双方必须按照合同或补充协议的约定履行各自的义务，否则将承担违约责任。
- 当补充协议的条款与原合同的条款不一致时，一般以补充协议为准，因为它是双方对原合同条款的变更和补充。然而，如果补充协议的签订违背了原合同的基本原则和精神，或者双方在补充协议中未明确约定以补充协议为准，那么原合同的效力可能会优先于补充协议。
在实际应用中，如何选择使用合同还是补充协议：
- 如果双方需要就交易或合作的所有关键要素进行全面、系统的约定，那么应该签订合同。合同能够为双方提供一个清晰、明确的交易框架和合作基础。
- 如果双方在原合同履行过程中发现需要就某些特定事项进行微调或补充约定，那么可以选择签订补充协议。补充协议能够针对原合同中的不足或变化进行灵活、便捷的调整和完善。
建议：
- 在签订合同或补充协议时，双方应该充分协商、明确各自的权利和义务，并确保合同或补充协议的内容合法、有效。
- 如果对合同或补充协议的内容存在疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。
希望以上解答能够对你有所帮助。如果你还有其他关于合同纠纷或经济纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。