两次闯红灯被扣12分后，需按照以下步骤处理：

1. 接受处罚并缴纳罚款
   闯红灯属于违反《道路交通安全法》的行为，通常会被处以200元罚款、记6分。两次闯红灯即累计扣12分，需在收到处罚决定书后15日内到指定银行缴纳罚款。若逾期未缴纳，每日按罚款数额的3%加处罚款，且可能影响驾驶证状态。

2. 参加满分教育学习
   根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，一个记分周期内累计扣满12分的，需在15日内到驾驶证核发地或违法行为地车管所参加7天道路交通安全法律、法规和相关知识学习（满分教育）。学习内容包括交通法规、事故案例分析等，需通过车管所组织的考试（科目一）。

3. 通过科目一考试恢复驾驶资格
   完成学习后，需在20日内参加科目一考试。考试合格后，记分予以清除，发还机动车驾驶证；若考试不合格，需继续参加学习和考试。拒不参加学习或考试的，公安机关交通管理部门将公告其驾驶证停止使用。

4. 特殊情形处理

   • A/B类驾驶证：若持有大型客车、牵引车等驾驶证，扣满12分后除满分教育外，还需降级处理（如A1降为A3B1B2）。
     
   • 实习期驾驶证：在实习期内扣满12分的，将注销其实习的准驾车型驾驶资格（如C1实习期扣满12分，需重新报考驾照）。
     
   • 多次违章未处理：若两次闯红灯的处罚未及时处理，可能产生滞纳金，甚至影响车辆年检、驾驶证换证等业务。

温馨提示：

• 日常驾驶中可通过导航软件提前观察信号灯变化，避免因抢行导致闯红灯。
  
• 若对处罚有异议（如信号灯故障、被套牌等），可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有其他交通违法处理或驾驶证使用问题，欢迎直接向我咨询。