手机靓号协议的合法性是一个涉及合同法和消费者权益保护的问题，下面我将结合相关法律和实际案例，为您详细解答。

一、手机靓号协议的合法性基础

手机靓号协议，本质上是一种合同关系，其合法性主要取决于合同内容是否符合法律法规的规定，以及合同双方是否在平等、自愿、公平的基础上达成协议。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，合同即具有法律效力。

二、手机靓号协议中的关键要素

1. 格式条款的提示与说明：靓号协议中往往包含一些格式条款，如预存话费、保底消费、使用期限等。根据《民法典》第四百九十六条的规定，提供格式条款的一方应当遵循公平原则，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款。如果通信公司未履行提示或者说明义务，导致用户没有注意或者理解这些条款，用户可以主张这些条款不成为合同的内容。

2. 合同内容的公平性：靓号协议中的条款应当公平合理，不得存在显失公平的情况。例如，过高的违约金、过长的使用期限等，都可能被视为不公平条款，从而影响合同的合法性。

3. 双方的真实意思表示：合同双方应当在平等、自愿的基础上达成协议，任何一方都不得强迫对方接受不合理的条款。如果通信公司在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，或者用户是在不了解协议内容的情况下签订的，那么协议可能被视为无效。

三、实际案例分析

以您提供的两个案例为例：

1. 新野法院案例：在这个案例中，原告刘某与被告通信公司签订了靓号协议，但后来因负担不了高额话费而想要解除协议。法院在调解过程中，关注了通信公司是否尽到提醒义务、附带业务是否经过消费者同意等问题。最终，双方经过协商达成一致意见，通信公司同意解除靓号协议。这个案例说明，即使靓号协议本身合法，但如果通信公司在执行过程中存在不当行为，也可能影响协议的合法性和有效性。

2. 张掖市人民政府留言案例：在这个案例中，用户与电信公司就靓号业务产生了纠纷。用户表示未签订任何携转协议，但电信公司却多次变更合约期限和违约金金额。这个案例揭示了通信公司在靓号业务中可能存在的不规范行为，如未签订书面协议、随意变更合约条款等。这些行为都可能影响靓号协议的合法性和有效性。

四、建议与总结

1. 对于消费者：在购买手机靓号时，一定要仔细阅读协议内容，特别是关于预存话费、保底消费、使用期限、违约金等关键条款。如果对协议内容有疑问或不满，应及时与通信公司沟通并寻求解决方案。同时，要保留好相关证据，如协议文本、通话记录、短信等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。

2. 对于通信公司：在签订靓号协议时，应当遵循公平、自愿、诚实信用的原则，确保协议内容合法合规。同时，要履行好提醒和说明义务，确保用户充分了解协议内容并自愿接受。在执行协议过程中，要遵守相关法律法规和行业规范，不得随意变更合约条款或增加用户负担。

综上所述，手机靓号协议本身并不违法，但其合法性和有效性取决于合同内容是否符合法律法规的规定以及合同双方是否在平等、自愿、公平的基础上达成协议。因此，在签订和执行靓号协议时，双方都应当谨慎对待并遵守相关法律法规和行业规范。