旷工被扣工资是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且旷工事实成立：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 具体分析：如果公司的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，包括扣工资，且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，同时旷工事实确实存在，那么公司按照规章制度扣工资是合法的。但扣工资的数额需遵守上述规定，即每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
若公司规章制度不合法或旷工事实不成立：
- 规章制度不合法：如果公司的规章制度未经过民主程序制定、未公示或告知劳动者，或者规章制度中的内容违反法律、行政法规的规定，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。此时，公司以旷工为由扣工资就是违法的。
- 旷工事实不成立：如果劳动者能够证明自己并未旷工，或者旷工的事实存在争议，那么公司扣工资的行为也可能被认定为违法。例如，劳动者因病请假但未及时提交病假证明，或者因不可抗力原因未能按时到岗等。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果认为公司扣工资的行为违法，可以先与公司协商解决。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在制定规章制度时，应确保规章制度的合法性，并经过民主程序制定、公示或告知劳动者。同时，在处理旷工等违纪行为时，应确保事实清楚、证据确凿，并遵守相关法律法规的规定。
可能后果：
- 如果公司违法扣工资，劳动者有权要求公司补发被扣的工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 如果劳动者旷工事实成立且给公司造成经济损失，公司有权要求劳动者赔偿经济损失，但赔偿方式需遵守相关法律法规的规定。
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