经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。具体分析如下：

1. 法律依据与计算基数定义
   根据《劳动合同法》第四十七条及实施条例第二十七条，经济补偿金的月工资标准为劳动者解除或终止劳动合同前12个月的平均工资，且明确以应发工资（即未扣除社保、公积金、个税等费用的税前工资）为计算基数。这一规定旨在保障劳动者在劳动关系解除后的基本生活需求，避免因扣减项目导致补偿标准降低。

2. 应发工资的构成范围
   应发工资包括劳动者正常工作时间内应得的全部收入，具体包含：

   • 基本工资（如岗位工资、技能工资等）；
     
   • 固定性奖金（如月度奖、季度奖、年终奖等，若属于常规发放项目）；
     
   • 津贴补贴（如交通补贴、餐补、住房补贴等）；
     
   • 加班工资（若劳动合同或规章制度明确加班工资计入平均工资计算基数）；
     
   • 其他固定收入（如工龄工资、绩效工资等）。
     注意：若年终奖、季度奖等属于非常规性收入（如企业根据经营状况决定是否发放），可能不被纳入计算基数，需结合具体发放频率和合同约定判断。

3. 实发工资与应发工资的差异
   实发工资是应发工资扣除以下项目后的金额：

   • 社保个人缴纳部分；
     
   • 公积金个人缴纳部分；
     
   • 个人所得税；
     
   • 其他法定或约定扣款（如工会会费、违纪罚款等）。
     由于这些扣款属于劳动者个人义务或企业合法管理行为，不影响经济补偿金的计算基数。

4. 特殊情形处理

   • 月工资高于当地社平工资3倍的：根据《劳动合同法》第四十七条，补偿标准按社平工资3倍封顶，且补偿年限最高不超过12年。此时仍以应发工资为基数，但需与社平工资3倍比较后取低值。
     
   • 未满12个月的情形：若劳动者工作不满12个月，按实际工作月数计算平均工资，基数同样为应发工资。
     
   • 工资支付异常情形：如企业未足额支付工资或存在拖欠，劳动者可主张以实际应得工资（包括欠付部分）为基数计算补偿金。

建议：若企业以实发工资为基数计算经济补偿金，劳动者可要求企业重新核算并补足差额。如有争议，可收集工资条、银行流水、劳动合同等证据，通过劳动仲裁维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。