结论：旷工一天扣除三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。

分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这一条款明确规定了工资支付的原则，即不得无故克扣。
   • 同时，《工资支付暂行规定》第十六条也指出：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”这一条款规定了工资扣除的合法情形及限制。

2. 旷工与工资扣除的关系：

   • 旷工是劳动者违反用人单位规章制度的行为，用人单位有权根据规章制度对旷工者进行处罚。然而，这种处罚应当合理且合法，不能违反劳动法的相关规定。
   • 扣除三天工资作为旷工一天的处罚，显然超出了合理范围。因为旷工一天并未给用人单位造成三天的经济损失，且这种扣除方式可能违反了工资支付不得克扣或无故拖欠的原则。

3. 合法处罚方式：

   • 如果用人单位想要对旷工者进行处罚，可以依据规章制度进行警告、记过、降薪等合理处罚。
   • 若旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿，但赔偿金额应合理，且扣除工资的部分不得超过劳动者当月工资的20%，同时需保证扣除后的工资不低于当地最低工资标准。

建议：

• 对于劳动者：如果遇到用人单位无故扣除工资的情况，可以首先与用人单位协商解决。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于用人单位：应当制定合理的规章制度，明确旷工等违纪行为的处罚方式。在处罚时，应确保处罚的合法性和合理性，避免违反劳动法的相关规定。

可能后果：

• 如果用人单位违法扣除工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付被扣除的工资、加付赔偿金等。
• 同时，用人单位还可能因违法用工行为而损害自身形象，影响员工士气和团队凝聚力。

综上所述，旷工一天扣除三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位在处罚旷工者时，应确保处罚的合法性和合理性，避免违反劳动法的相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。