自建房转让协议在符合法定条件时是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

合法性条件

1. 产权清晰：自建房必须拥有合法的产权证明，如宅基地使用证、房屋所有权证等。如果自建房没有合法的产权证明，或者产权存在争议，那么转让协议可能会因为产权不清晰而无效。例如，如果自建房是建在非法占用的土地上，或者房屋本身存在违建情况，这样的房屋转让协议就可能面临无效的风险。

2. 双方自愿：转让协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能可以被撤销或认定为无效。比如，卖方在隐瞒房屋存在重大质量问题的情况下与买方签订转让协议，买方在发现后有权要求撤销协议。

3. 符合法律规定：自建房的转让必须遵守相关法律法规的规定，如宅基地使用权的转让需要符合宅基地管理的相关规定。一般来说，宅基地使用权只能在本集体经济组织成员之间转让，且受让人需要符合宅基地申请条件。如果转让协议违反了这些规定，那么协议可能会被认定为无效。

合法性后果

1. 有效协议：如果自建房转让协议符合上述合法性条件，那么该协议就是有效的。双方应当按照协议的约定履行各自的义务，如卖方交付房屋、买方支付房款等。如果一方不履行协议义务，另一方有权要求其承担违约责任。

2. 无效协议：如果自建房转让协议存在产权不清晰、非双方自愿或违反法律规定等情形，那么该协议可能会被认定为无效。无效的协议自始没有法律约束力，双方应当返还因协议取得的财产。如果因一方过错导致协议无效，给对方造成损失的，过错方还应当承担赔偿责任。

实际操作建议

1. 核实产权：在签订自建房转让协议前，买方应当核实房屋的产权证明，确保房屋产权清晰、无争议。

2. 了解法律法规：双方应当了解自建房转让的相关法律法规，确保转让协议符合法律规定。如果不确定，可以咨询专业律师或相关部门。

3. 签订书面协议：为了保障双方的权益，建议签订书面的自建房转让协议，并明确约定双方的权利义务、违约责任等内容。

4. 办理过户手续：在签订转让协议后，双方应当及时办理房屋过户手续，确保房屋产权的合法转移。

如果你在自建房转让过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。