公司不合理扣员工工资，员工可以通过以下途径维护自身权益：

1. 与公司协商解决
   首先，建议员工主动与公司的人力资源部门或直接上级沟通，明确询问扣款的具体原因和依据。如果公司无法提供合法合理的解释（如劳动合同、公司规章制度或法律法规的明确规定），员工可以要求公司立即停止不当扣款行为，并补发被扣工资。协商时注意保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录），以备后续维权使用。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，员工可向公司所在地的劳动保障监察大队投诉（可通过当地人社局官网查询联系方式）。投诉时需提供劳动合同、工资条、扣款通知等证据，劳动监察部门会依法调查，并责令公司限期整改。若公司拒不改正，可能面临行政处罚（如罚款）。

3. 申请劳动仲裁
   若投诉后问题仍未解决，员工可在劳动关系终止后1年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司支付被扣工资及可能的赔偿金（如克扣工资导致经济困难的，可要求加付50%-100%赔偿金）。仲裁裁决具有法律效力，若公司不履行，员工可申请法院强制执行。

4. 通过诉讼途径解决
   若对仲裁结果不服，员工可在收到裁决书后15日内向法院提起诉讼。诉讼程序相对复杂，但法院判决的执行力更强，适合争议金额较大或情况复杂的案件。

关键法律依据：

• 《劳动法》第50条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。
  
• 《劳动合同法》第38条：公司未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可解除合同并主张经济补偿。
  
• 《工资支付暂行规定》第15条：用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者原因造成经济损失且经协商后扣除（但每月扣除部分不得超过当月工资的20%）。

建议行动步骤：

1. 收集证据（劳动合同、工资条、扣款记录、沟通记录等）；
   
2. 优先尝试协商或投诉，成本低且效率高；
   
3. 若仍无果，及时申请仲裁或起诉，避免超过时效。
   

如有进一步疑问或需要具体操作指导，可直接向我提问，我会结合您的实际情况详细解答。