志愿填报辅导机构在合法经营的前提下是合法的，但关键在于它们是否遵守了相关的法律法规，并确保了服务的合法性和合规性。

首先，从法律法规的角度来看，志愿填报辅导机构作为提供教育咨询服务的经营主体，需要严格遵守《中华人民共和国消费者权益保护法》、《中华人民共和国广告法》、《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规。这些法律法规要求经营主体在提供服务时，必须真实、全面地披露信息，不得作虚假或引人误解的宣传，同时要明码标价，确保消费者的知情权得到充分保障。

其次，志愿填报辅导机构需要依法取得营业执照，这是其合法经营的基础。在取得营业执照后，机构还需要按照相关规定进行备案或审批（具体取决于当地的教育政策和规定），以确保其提供的服务符合教育部门的要求和标准。

再者，从市场监管的角度来看，相关部门如市场监管局会定期对志愿填报辅导机构进行检查和整治，以查处乱收费、虚假宣传等违法行为。例如，孝南区市场监管局就曾严查志愿填报收费乱象，通过发放提醒告诫函、标准化收费公示模板等方式，指导机构规范公示服务项目、收费标准等关键信息，并解读相关法律法规，明确经营红线与法律责任。

因此，对于用户来说，在选择志愿填报辅导机构时，应该注意以下几点：

1. 确认机构是否依法取得营业执照，并了解其是否进行了相关的备案或审批。
2. 仔细阅读机构提供的服务合同或协议，确保其中的服务内容、收费标准、退费规则等关键信息清晰明确。
3. 了解机构的口碑和评价，可以通过查看用户评价、咨询其他家长或学生等方式进行了解。
4. 保持警惕，避免被机构的虚假宣传或承诺所迷惑，理性选择适合自己的志愿填报辅导服务。

综上所述，志愿填报辅导机构在合法经营的前提下是合法的，但用户需要谨慎选择，确保自己的权益得到充分保障。