针对您提出的“物流公司没有道路运输许可证怎么处罚”的问题，这主要取决于物流公司所从事的运输类型以及是否产生了违法所得。以下是根据相关法律法规给出的详细解答：

一、道路普通货物运输

如果物流公司未取得道路运输经营许可，擅自从事道路普通货物运输经营，且违法所得超过1万元，那么根据相关规定，将会被没收违法所得，并处以违法所得1倍以上5倍以下的罚款。若没有违法所得或者违法所得不足1万元，则会被处以3000元以上1万元以下的罚款，情节严重的，罚款金额会提升至1万元以上5万元以下。

二、道路危险货物运输

对于道路危险货物运输，处罚更为严厉。如果物流公司未取得道路危险货物运输许可，擅自从事此类运输经营，且违法所得超过2万元，将会被没收违法所得，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。若没有违法所得或者违法所得不足2万元，则会被处以3万元以上10万元以下的罚款。此外，如果物流公司的行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

三、具体案例与处罚依据

以您提供的案例为例，上海某物流有限公司未取得道路危险货物运输经营许可，擅自从事道路危险货物运输，交通运输执法部门依据《道路危险货物运输管理规定》的相关条款，责令其停止危险货物运输经营，并给予了罚款叁万元的行政处罚。这一处罚决定正是基于物流公司未取得相应许可而擅自从事危险货物运输的违法行为。

四、建议与措施

为了避免此类处罚，物流公司应当：

1. 确保合规经营：在从事任何运输活动前，务必确保已取得相应的道路运输经营许可。
2. 加强内部管理：建立健全的安全生产管理制度，确保从业人员具备相应的资质和技能。
3. 定期自查自纠：定期对公司的运输活动进行自查，及时发现并纠正可能存在的违规行为。

综上所述，物流公司没有道路运输许可证的处罚取决于运输类型和违法所得情况。为了确保公司的合规经营和避免不必要的法律风险，建议物流公司务必在从事运输活动前取得相应的许可，并加强内部管理和自查自纠工作。