综合工时制下，病假通常不计入工时，但在某些特殊情况下可能有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、病假通常不计入综合工时制的工时
法律层面：虽然相关法律法规并未明确规定综合工时制下病假必须计入或不计入工时，但考虑到病假是员工因健康原因无法工作的特殊时期，且综合工时制的核心是围绕劳动者实际付出的劳动量进行核算，因此，病假时间通常不应计入实际工作工时。
病假性质：病假并非员工为了完成工作任务而投入的有效工作时间，而是他们因健康原因无法履行工作职责的特定阶段。因此，在计算综合工时制的总工时时，将病假时间排除在外是合理的。
二、特殊情况下的处理
尽管病假通常不计入工时，但在某些特殊情况下，用人单位可能会根据具体情况作出不同处理：
支付正常工资的病假：如果用人单位按照正常出勤工资标准支付劳动者病假期间的工资，那么出于工资与工作时间对应的考虑，用人单位可能会将这部分病假时间计入工时。这样做有助于准确计算整个综合计算周期内的工作时长是否符合法定标准。但这种情况并不常见，且需确保不违反相关法律法规的强制性规定。
劳动合同和规章制度的约定：用人单位与劳动者签订的劳动合同以及单位内部的规章制度可以对综合工时制下病假是否计入工时进行约定或规定。如果劳动合同或规章制度中明确规定了病假计入或不计入工时的具体条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照约定或规定执行。
三、实际操作建议
了解当地法律法规：不同地区对于综合工时制和病假的规定可能存在差异。因此，用人单位和员工应首先了解当地的相关法律法规，以确保对综合工时制下病假是否计入工时有准确的理解和应用。
明确劳动合同和规章制度：用人单位在制定劳动合同和规章制度时，应明确规定综合工时制下病假是否计入工时以及具体的计算方法。这有助于减少争议和纠纷的发生。
合理处理病假期间的工资和工时：用人单位在处理病假期间的工资和工时问题时，应遵循公平、合理和合法的原则。既要保障员工的合法权益，也要维护企业的正常运营秩序。
举例说明：假设某员工实行综合工时制，以月为计算周期。该员工本月请了5天病假，实际工作了160小时。根据当地法律法规和公司规章制度的规定，病假时间不计入工时。那么，该员工本月的总工时应为160小时，而不是将病假时间也计算在内。如果用人单位按照正常出勤工资标准支付了病假期间的工资，并且劳动合同或规章制度中明确规定了这种情况下病假时间应计入工时，那么总工时则应为实际工作时间加上病假时间。但这种情况较为特殊，需具体分析。
总结：综合工时制下病假是否计入工时需根据具体情况和相关法律法规进行综合判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。