针对您提出的“违反公司考勤制度怎么处理”的问题，这确实是一个涉及员工权益与企业管理的重要议题。下面我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。
首先，需要明确的是，公司有权根据自身的经营需要和劳动纪律，制定合理的考勤制度。员工应当遵守这些制度，按时上下班，完成工作任务。然而，当员工违反考勤制度时，公司的处理方式必须合法、合理且善意。
一、合法性原则
公司处理违反考勤制度的行为时，必须遵循国家法律法规的规定。例如，根据《工资支付暂行规定》，公司不能随意扣除员工的工资作为惩罚。除非员工因个人原因给公司造成经济损失，且经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、合理性原则
公司在处理违反考勤制度的行为时，应确保处理措施的合理性。这包括两个方面：
规章制度合理：公司的考勤制度应当明确、具体，且不得扩大员工的违纪结果或加重员工的违纪责任。例如，不能规定迟到一次就扣除多倍工资，这样的规定显然不合理。
处理措施适当：对于违反考勤制度的员工，公司应根据其违纪的严重程度，采取适当的处理措施。这可以包括口头警告、书面警告、扣发部分工资（但需符合法律法规规定）、解除劳动合同等。但无论采取何种措施，都应确保与员工的违纪行为相匹配，且不得侵犯员工的合法权益。
三、善意原则
公司在处理违反考勤制度的行为时，还应体现善意原则。这意味着公司应尽可能与员工进行沟通，了解其违纪的原因和背景，并尝试通过协商、教育等方式解决问题。只有在员工拒不改正或违纪行为严重到足以影响公司正常运营时，公司才应考虑采取更严厉的处理措施。
四、实际案例参考
以您提供的案例为例，上海某医疗公司因员工江某多次迟到而扣除其大量工资，最终被法院判决支付工资差额。这一案例表明，公司不能随意扩大员工的违纪结果或加重员工的违纪责任，否则将面临法律风险。
五、建议处理方式
对于违反考勤制度的员工，公司可以采取以下处理方式：
口头或书面警告：对于轻微违纪行为，公司可以给予口头或书面警告，提醒员工注意遵守考勤制度。
扣发部分工资：对于较严重的违纪行为，公司可以根据法律法规和规章制度的规定，扣发员工部分工资。但需确保扣发金额合理且符合法律法规规定。
解除劳动合同：对于严重违纪行为或屡教不改的员工，公司可以考虑解除劳动合同。但在此之前，应确保已充分与员工沟通并给予其改正的机会。
综上所述，公司在处理违反考勤制度的行为时，应遵循合法性、合理性和善意原则，确保处理措施既符合法律法规规定又体现人文关怀。同时，公司也应加强考勤管理，明确规章制度，以减少违纪行为的发生。