关于公积金贷款逾期还款是否会自动扣款的问题，这主要取决于您选择的还款方式、是否办理了公积金冲还贷业务，以及具体的贷款银行和借款合同条款。以下是对此问题的详细解析：
一、公积金冲还贷情况下的自动扣款
月冲（逐月还款法）：
- 如果您办理了公积金月冲业务，那么每月固定时间，公积金管理中心会自动从您及共同借款人的公积金账户中扣取相应金额，用于偿还当月房贷本息。
- 若公积金账户余额不足，您需要在还款账户中补足差额，以确保扣款成功。部分银行在首次扣款失败后，可能会在当日内进行第二次甚至多次扣款尝试。
年冲（一次性还款法）：
- 如果您选择的是公积金年冲业务，那么每年固定日期，公积金管理中心会将符合条件的公积金账户余额冲抵贷款本金，并重新计算月还款额。
- 这种情况下，通常也是自动操作的，但同样需要关注公积金账户余额是否充足。
二、非公积金冲还贷情况下的还款
- 如果您没有办理公积金冲还贷业务，那么您需要按照与贷款银行的约定，每月在还款日前将应还款项足额存入指定的还款账户，由银行进行划扣。
- 在这种情况下，还款资金来源主要是您的自有资金，公积金账户不会自动扣款。若还款账户余额不足导致扣款失败，是否会进行第二次自动扣款取决于具体的贷款银行和借款合同条款。
三、特殊情况与注意事项
二次扣款情况：
- 多数公积金贷款合作银行在还款日当天，若首次扣款因账户余额不足而失败，会在当日内进行第二次甚至多次扣款尝试。但具体频次和时间点可能因银行而异。
需手动操作或不进行二次扣款的情况：
- 部分银行可能要求您在发现余额不足后，主动通过客服电话或手机银行等渠道手动补足并通知银行进行扣款。
- 少数银行可能明确规定，首次扣款失败后不会进行任何形式的自动二次扣款。这种情况下，您若未及时发现并补足余额，将直接导致逾期。
宽限期制度：
- 部分银行为公积金贷款提供了宽限期，即在还款日后的一定时间内（具体天数依据借款合同），您若能及时补足余额并成功扣款，通常不被视为逾期。
四、建议与预防措施
- 为避免逾期还款带来的不良后果，建议您在还款日前确保还款账户中有足够的资金。
- 若不慎发现余额不足，应立即与贷款银行或当地公积金管理中心联系，了解补救措施和具体的扣款规定。
- 熟悉借款合同中关于扣款、宽限期及逾期处理等条款，做到心中有数，有备无患。
综上所述，公积金贷款逾期还款是否会自动扣款取决于多种因素。为确保顺利还款，建议您充分了解并遵循当地公积金管理中心及贷款银行的具体规定，密切关注账户信息，及时办理相关手续。如有任何疑问或特殊情况，建议咨询当地公积金管理中心或贷款银行以获取准确指导。