结论：车贷违约金协商减免后仍有账单，可能是协商未完全覆盖所有费用、协商结果未生效、存在其他未结清费用或银行系统更新延迟等原因导致。以下是对这些可能原因的详细分析：

1. 协商未完全覆盖所有费用：

   • 在协商减免违约金时，可能仅就违约金部分进行了减免，而并未涉及车贷本金、利息或其他相关费用。因此，即使违约金得到了减免，其他未协商减免的费用仍会出现在账单中。
   • 建议：仔细核对协商减免的具体内容，确认是否涵盖了所有应支付的费用。如有遗漏，可与银行再次协商，明确剩余费用的支付方式和期限。

2. 协商结果未生效：

   • 协商减免违约金后，需要银行确认并更新系统记录。如果银行尚未完成这一流程，或者协商结果未以书面形式确认并双方签字，那么协商结果可能尚未生效。
   • 建议：与银行确认协商结果是否已生效，并要求银行提供书面确认文件。如协商结果未生效，可要求银行尽快处理，并明确生效时间。

3. 存在其他未结清费用：

   • 除了违约金外，车贷还可能涉及其他费用，如手续费、保险费、滞纳金等。这些费用可能并未在协商减免范围内，因此仍会出现在账单中。
   • 建议：仔细审查账单，确认是否存在其他未结清费用。如有疑问，可向银行咨询费用明细和计算方式，确保账单的准确性。

4. 银行系统更新延迟：

   • 银行系统可能存在更新延迟的情况，导致协商减免后的账单未能及时反映最新信息。
   • 建议：等待一段时间后再次查询账单，或联系银行客服确认系统更新情况。如确认是系统问题，可要求银行尽快处理并更正账单。

额外提醒：

• 在处理车贷违约金协商减免问题时，务必保留好所有相关证据和文件，如协商记录、书面确认文件等。这些证据在后续处理纠纷或争议时将起到关键作用。
• 如对账单内容存在疑问或争议，应及时与银行沟通并寻求解决方案。如无法达成一致意见，可考虑通过法律途径维护自身权益。

如有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。