结论：关于90万元贷款收取9000元好处费是否会被判刑，这主要取决于该行为是否构成犯罪以及具体构成何种犯罪，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、若该行为构成骗取贷款罪
根据《中华人民共和国刑法》第一百七十五条之一的规定，骗取贷款罪是指以欺骗手段取得银行或者其他金融机构贷款，给银行或者其他金融机构造成重大损失或者有其他严重情节的行为。具体立案标准包括：
- 以欺骗手段取得贷款、票据承兑、信用证、保函等，数额在一百万元以上的；
- 以欺骗手段取得贷款、票据承兑、信用证、保函等，给银行或者其他金融机构造成直接经济损失数额在二十万元以上的；
- 虽未达到上述数额标准，但多次以欺骗手段取得贷款、票据承兑、信用证、保函等的；
- 其他给银行或者其他金融机构造成重大损失或者有其他严重情节的情形。
分析：
- 在本案例中，若收取9000元好处费的行为被认定为以欺骗手段取得90万元贷款的一部分，且该行为给银行造成了重大损失或存在其他严重情节，那么该行为可能构成骗取贷款罪。然而，仅从数额上看，90万元贷款并未直接达到骗取贷款罪中“数额在一百万元以上”的标准，但若存在其他严重情节或给银行造成了重大损失，仍有可能构成犯罪。
- 另外，骗取贷款罪的主观要件是故意，且不是以非法占有为目的，而是因在不符合贷款条件的情况下为取得贷款而采用了非法手段，有归还的意愿。若行为人主观上具有非法占有的目的，则可能构成贷款诈骗罪，而非骗取贷款罪。
二、若该行为构成贷款诈骗罪
贷款诈骗罪是指以非法占有为目的，使用欺骗方法，骗取银行或者其他金融机构的贷款，数额较大的行为。根据相关法律规定，贷款诈骗罪的数额较大标准通常远低于骗取贷款罪，且主观上要求具有非法占有的目的。
分析：
- 在本案例中，若行为人收取9000元好处费的行为被认定为以非法占有为目的，通过欺骗手段骗取90万元贷款，且数额较大（具体标准需根据当地司法解释确定），那么该行为可能构成贷款诈骗罪。贷款诈骗罪的刑罚通常比骗取贷款罪更重，可能面临更长的有期徒刑和更高的罚金。
三、若该行为不构成犯罪
分析：
- 如果收取9000元好处费的行为并未涉及欺骗手段，或者虽然涉及了某些不规范操作，但并未给银行造成重大损失，也不存在其他严重情节，那么该行为可能不构成犯罪。然而，这种行为仍然可能违反银行的相关规定或行业规范，面临行政处罚或行业制裁。
建议
- 立即停止不当行为：如果正在进行或计划进行类似行为，应立即停止，以避免可能的法律风险。
- 咨询专业律师：由于法律问题的复杂性，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律意见。
- 配合调查：如果已经被相关部门调查或询问，应积极配合，如实说明情况，避免隐瞒或谎报导致更严重的法律后果。
总结：90万元贷款收取9000元好处费是否会被判刑，取决于该行为是否构成犯罪以及具体构成何种犯罪。由于法律问题的复杂性，建议直接向我咨询以获取更准确的法律意见。