股东在认为股东会协议（决议）无效时，通常应起诉公司，特定情况下也可起诉相关责任人。以下从多个角度为您详细分析：
一、起诉公司的法律依据与理由
根据《中华人民共和国公司法》第二十二条的规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容若违反法律、行政法规，则无效。股东作为公司的一员，其合法权益受法律保护。当股东会决议违反法律法规，侵害股东合法权益时，股东有权向人民法院提起诉讼，请求确认该决议无效。在此情况下，公司作为决议的作出主体，自然是诉讼的被告方。
举例说明：假设某公司股东会决议非法解除了一位股东的资格，该决议直接违反了公司法关于股东资格的规定，侵害了该股东的合法权益。此时，该股东可以向人民法院提起诉讼，请求确认该决议无效，被告即为该公司。
二、特定情况下起诉相关责任人的可能性
虽然通常情况下股东应起诉公司，但在某些特定情况下，股东也可能需要起诉相关责任人。这些情况主要包括：
决议内容涉及恶意串通：如果股东会决议的内容是相关责任人恶意串通，损害公司或其他股东利益的，那么除了起诉公司外，股东还可以考虑起诉这些相关责任人。
责任人违反忠实义务或勤勉义务：公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员等，如果利用关联关系损害公司利益，或者违反忠实义务、勤勉义务，导致股东会决议无效的，股东也可以考虑起诉这些责任人。
法律建议：在决定是否起诉相关责任人时，股东应充分考虑证据的充分性、诉讼的成本与收益等因素。如果证据充分，且起诉相关责任人有助于更好地维护自身权益，那么可以考虑同时起诉公司和相关责任人。
三、诉讼要点与证据提供
证明决议违法：股东需明确指出决议具体违反了哪部法律、哪条行政法规的规定，并阐述违法事实与法律规定之间的关联。
提供证据支持：股东应提供充分的证据来支持自己的主张，包括但不限于股东会会议记录、决议文本、相关法律法规条文及能证明决议违法的其他材料。
注意诉讼时效问题：虽然《公司法》对确认股东大会决议无效之诉未明确规定诉讼时效，但一般认为此类诉讼不受时效限制，因为无效的决议自始无效。不过，为了保障自身权益，股东还是应尽早提起诉讼。
四、判决后果与补救措施
一旦法院判决股东会决议无效，该决议即失去法律效力。公司基于该无效决议所实施的一切行为，如股权变更、资产处置等，均需依法进行纠正或采取其他补救措施，以恢复到决议作出前的法律状态。若公司已根据无效决议办理了变更登记，应在宣告决议无效后及时向公司登记机关申请撤销变更登记。
总结与建议：股东在发现股东会决议存在无效情形时，应首先考虑起诉公司，要求确认决议无效。在特定情况下，如决议内容涉及恶意串通或责任人违反忠实义务、勤勉义务等，股东也可以考虑起诉相关责任人。在提起诉讼前，股东应充分收集证据，明确诉讼要点，并注意诉讼时效问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。