结论：借款超过约定期限每天扣除百分之1的违约金是否合法，不能一概而论，而需根据具体情况综合判断。一般来说，若该比例合理且符合实际情况，即为合法；但若比例过高，超出实际损失范围，则可能被认定为不合法，并面临调整的风险。

详细分析：

1. 法律依据与约定原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这体现了法律对当事人意思自治的尊重。
   • 然而，约定的违约金并非可以无限制地设定。如果违约金过分高于因违约造成的损失，人民法院或仲裁机构有权根据当事人的请求予以适当减少。

2. 司法实践中的参考标准：

   • 在民间借贷领域，若出借人与借款人同时约定了逾期利率、违约金或其他费用，出借人可选择主张其中一项或多项，但总计超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的部分，将不被人民法院支持。这意味着，即使双方约定了每天百分之1的违约金，但如果该比例导致的总费用超过了法定上限，那么超出部分将不被认可。
   • 对于其他合同欠款纠纷，司法实践中通常认为，如果违约金超过造成损失的30%，即可认定为“过分高于造成的损失”。虽然这一标准并非绝对，但它为判断违约金是否过高提供了一个参考依据。

3. 实际操作中的考量因素：

   • 在设定违约金时，应综合考虑合同的具体内容、双方当事人的约定、合同的性质、履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等多个因素。例如，如果借款金额较小，而每天百分之1的违约金比例过高，导致借款人承担的违约责任过重，那么该比例可能被视为不合法。
   • 合同中明确规定的每天违约金百分比，若该比例合理且符合实际情况（如与借款金额、借款期限、市场利率等因素相匹配），即为合法。但若比例过高，超出实际损失范围，则可能面临调整的风险。

法律建议：

• 在签订借款合同时，双方当事人应充分协商，根据实际情况合理设定违约金的比例和计算方式。建议参考市场利率、借款金额、借款期限等因素，确保违约金既具有补偿性又具有适当的惩罚性。
• 如在合同履行过程中发生争议，且对违约金的合法性存在疑问，建议及时向我咨询。作为专业律师，我将根据具体情况提供法律意见，并帮助你通过法律途径维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果约定的违约金比例过高，被认定为不合法，那么人民法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，借款人可能只需承担较低的违约责任。
• 另一方面，如果约定的违约金比例合理且符合实际情况，那么借款人将需要按照合同约定承担违约责任，包括支付违约金等。