在欠款合同法院已判决的情况下，债权人可以按照以下步骤申请执行，以维护自身合法权益：
一、确认判决书生效
首先，需要确认判决书已经生效。判决书通常会在宣判后立即生效，但也可能存在上诉期。若判决书有明确的履行期限，则在该期限届满后生效；若无明确履行期限，则在上诉期满未提起上诉或申请再审时生效。只有生效的判决书才具有强制执行力。
二、申请执行前的准备
在申请执行前，需要准备好以下材料：
- 强制执行申请书：详细阐述申请执行的理由、事项、执行标的及被执行人的财产状况。
- 生效法律文书副本：即法院作出的判决书原件或经核对一致的复印件。
- 申请执行人身份证明：自然人提供身份证复印件，法人或其他组织提供营业执照副本复印件及法定代表人身份证明。
- 委托代理人材料（如有）：包括授权委托书和代理人身份证明；若为律师，还需提交律师事务所函和律师执业证复印件。
三、申请强制执行
- 管辖法院：向第一审人民法院或与第一审法院同级的被执行财产所在地人民法院提出申请。
- 提交与受理：将准备好的申请材料递交至法院立案庭。法院在收到申请后，将对申请进行审查。符合条件的，将在7日内立案；不符合条件的，将裁定不予受理。当事人对裁定不服的，可依法申请复议。
四、执行法院的执行措施
一旦法院立案执行，将采取一系列强制措施来追讨欠款：
- 发出执行通知：法院会向被执行人发出执行通知，责令其限期履行义务，并承担迟延履行期间的债务利息或迟延履行金。
- 财产调查与强制措施：
- 查询、冻结、划拨存款：法院有权查询、冻结、划拨被执行人的存款，但不得超出应履行义务的范围。
- 扣留、提取收入：法院可扣留、提取被执行人应履行义务部分的收入，但需保留生活必需费用。
- 查封、扣押、拍卖、变卖财产：法院有权对被执行人的财产进行查封、扣押、拍卖、变卖，但需保留生活必需品。
- 搜查隐匿财产：被执行人不履行义务且隐匿财产的，法院有权发出搜查令进行搜查。
- 其他强制措施：包括强制交付财物或票证、强制迁出房屋或退出土地、限制出境、纳入失信名单、罚款、拘留等。
五、执行的后续跟进
- 提供财产线索：债权人应积极向法院提供被执行人的财产线索，以便更有效地执行。
- 关注执行进展：与执行法官保持沟通，了解案件执行情况。若执行成功，债权将得到清偿；若执行遇到困难，可能需要考虑其他法律手段继续追讨。
- 执行和解：在执行过程中，双方当事人可自愿达成和解协议，变更履行义务的主体、标的物、数额、期限和方式。和解协议达成后，被执行人应按协议履行，否则债权人可申请恢复对原生效法律文书的执行。
六、执行款项的划拨与发放
若法院成功扣划到被执行人的款项，会按法定程序将执行款划拨给申请执行人。申请执行人收到执行款后，需签署收款确认书以确认款项已收悉。
七、结案处理
当所有执行事项完成后，法院会出具执行结案通知书，标志整个执行程序的结束。
总结与建议：
在欠款合同法院已判决的情况下，债权人应积极准备申请执行的材料，并及时向法院提交申请。同时，要密切关注执行进展，与执行法官保持沟通，提供必要的协助和信息。若执行遇到困难或被执行人拒不履行义务，可考虑采取其他法律手段继续追讨欠款。在整个过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。