农村土地整理触碰红线，需立即停止相关行为，并根据具体情况采取补救措施，涉及违法违规的将面临行政处罚甚至刑事责任。具体处理方式需结合触碰红线的类型和情节严重程度来分析：

1. 若触碰的是永久基本农田保护红线
   根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，永久基本农田是依法划定的不得擅自占用或改变用途的耕地。若土地整理过程中未经批准占用、破坏永久基本农田，需承担以下责任：

   • 行政责任：由自然资源主管部门责令限期改正，恢复原种植条件；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
     
   • 刑事责任：若涉及非法占用农用地罪（如占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），可能面临5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     
   • 补救措施：立即停止施工，恢复土地原状，主动向自然资源部门报告并配合调查，争取从轻处理。

2. 若触碰的是生态保护红线
   生态保护红线内的土地（如湿地、自然保护区、水源地等）受严格保护，禁止开发性、生产性建设活动。若土地整理涉及此类区域：

   • 行政责任：由生态环境部门或自然资源部门责令停止违法行为，限期拆除违法设施，恢复生态功能，并处以罚款（具体标准根据地方性法规确定）。
     
   • 刑事责任：若行为导致生态环境严重损害，可能涉嫌污染环境罪、破坏自然保护地罪等，需承担刑事责任。
     
   • 补救措施：委托专业机构评估生态损害程度，制定修复方案并实施，同时配合行政机关调查，主动承担修复责任。

3. 若触碰的是土地利用总体规划或城乡规划红线
   土地整理需符合土地利用总体规划和城乡规划，若未经批准擅自调整规划或突破规划范围：

   • 行政责任：由规划部门责令改正，没收违法所得，并处建设工程造价5%-10%的罚款；对直接负责的主管人员和其他责任人员依法给予处分。
     
   • 补救措施：重新申报规划调整或用地审批，完善合法手续；若项目已实施，需补办相关手续或调整规划方案。

建议行动步骤：

1. 立即停止施工，避免进一步扩大违法后果；
   
2. 核查土地性质和规划文件，确认触碰的红线类型及具体情节；
   
3. 咨询专业律师，评估法律风险并制定补救方案；
   
4. 主动配合行政机关调查，争取从轻或减轻处罚；
   
5. 落实修复责任，恢复土地原状或生态功能。
   

若涉及复杂情况（如多方利益冲突、历史遗留问题等），建议提供具体细节后进一步分析。