特殊货物的包装物押金逾期计算需根据货物性质、合同约定及法律规定综合判断，具体分以下情况处理：

1. 若货物属于应税消费品（如酒类、化妆品等）
   根据《消费税暂行条例》及实施细则，包装物押金逾期（超过12个月）需并入销售额计征消费税。计算时需注意：

   • 逾期押金需换算为不含税金额（公式：押金÷(1+税率)）；
     
   • 若包装物已作价随同货物销售，押金不再重复计税；
     
   • 逾期时间以合同约定返还期限为准，无约定则以实际逾期日起算。

2. 若货物属于增值税应税货物
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，包装物押金逾期需按所包装货物的适用税率征收增值税。关键点包括：

   • 逾期押金需并入销售额计算销项税额（公式：押金÷(1+税率)×税率）；
     
   • 除啤酒、黄酒外的酒类包装物押金，收到时即需计税（无论是否逾期）；
     
   • 逾期时间以合同约定为准，无约定则以1年为限。

3. 合同有特殊约定时的处理
   若双方在合同中明确约定了押金返还条件、逾期处理方式（如违约金比例、没收条款等），需优先适用合同约定，但不得违反法律强制性规定。例如：

   • 约定逾期超过30日没收押金，但法律规定的计税期限为12个月，此时计税义务仍按法律规定执行；
     
   • 约定押金利息的，利息部分需按“金融服务”缴纳增值税。

4. 税务与民事责任的区分

   • 税务层面：逾期押金需按上述规则计税，与是否实际没收无关；
     
   • 民事层面：若押金因逾期被没收，需审查合同效力（如是否显失公平、是否违反强制性规定），否则可能面临返还请求或赔偿风险。

建议行动：

1. 立即核查合同中关于押金返还期限、逾期处理方式的条款；
   
2. 区分货物类型（应税消费品/普通货物），按对应税种申报逾期押金；
   
3. 若涉及大额押金或复杂交易结构，建议提供合同文本进一步分析风险。
   

如有具体案例或合同条款需要解读，可直接向我咨询，我会结合货物类型、合同条款及最新税法规定为您详细解答。