结论：该公证费收取是否合法需分情况讨论，若借款合同中未明确约定公证费且公证事项非法定必要，则收取1800元公证费可能不合法；若合同有约定且公证事项合法必要，则需进一步判断费用合理性。

具体分析：

1. 公证费的收取依据
   根据《公证法》第三十四条，公证费的收取标准由省、自治区、直辖市人民政府价格主管部门会同同级司法行政部门制定。若借款合同中未明确约定公证费由借款人承担，且公证事项并非法律、行政法规规定的必须公证事项（如涉及不动产抵押的借款合同可能需公证），则出借人无权单方面要求借款人支付公证费。
   若合同中明确约定了公证费由借款人承担，且公证事项合法必要，则需进一步判断费用是否合理。

2. 公证费的合理性判断
   以5000元借款分两期偿还为例，1800元公证费占借款本金的36%，远超常规公证费用标准（通常按标的额比例或固定费用收取，如几百元至千元不等）。若公证机构实际收取1800元，可能涉嫌违反价格主管部门制定的收费标准，属于不合法收费。
   借款人可要求公证机构出示收费依据（如当地物价部门文件），或向当地司法局、市场监管部门投诉。

3. 借款合同的整体合法性
   即使公证费条款被认定无效，还需审查借款合同其他条款（如利息、违约金等）是否合法。根据《民法典》第六百八十条，借款利率不得违反国家有关规定（如LPR四倍）。若合同存在高利贷、砍头息等违法情形，整个合同可能部分无效或可撤销。

建议行动：

1. 核对合同条款：检查借款合同中是否明确约定公证费由借款人承担，以及公证事项的具体内容。
   
2. 查询公证费标准：联系当地公证机构或物价部门，确认5000元借款的公证费合理范围。
   
3. 协商或投诉：若认为费用不合理，可与出借人、公证机构协商退还；协商不成可向司法局、市场监管部门举报。
   
4. 审查合同其他条款：确保借款利率、还款方式等符合法律规定，避免陷入高利贷陷阱。

如有进一步疑问（如合同条款解读、投诉流程等），可直接向我咨询。