结论：房屋租赁合同一式三份时，通常房东、租客各持一份，第三份合同的归属则根据具体情况灵活分配，如可能交给房屋中介机构、用于政府部门备案或其他相关方。

详细分析：

1. 房东与租客各持一份：

   • 作为房屋租赁合同的直接参与方，房东和租客必须各持有一份合同原件。这是合同的基本原则，确保双方在合同履行过程中能够随时查阅合同条款，明确各自的权利和义务，从而保障双方的合法权益。

2. 第三份合同的灵活分配：

   • 房屋中介机构：如果房屋租赁是通过中介机构进行的，那么第三份合同通常留存在中介机构。中介机构作为交易的见证方和协助方，持有合同有助于在出现纠纷时提供证据，协助处理纠纷，并记录存档以备后续查询。
   • 政府部门备案：在某些地区或特定情况下，房屋租赁合同可能需要提交给当地房地产管理部门进行备案。此时，第三份合同将用于备案目的，以保障交易的合法性和规范性，防止违规行为的发生。
   • 其他相关方：根据具体情况，第三份合同也可能交给其他相关方，如担保人、共同承租人等。这取决于合同的具体内容和交易双方的约定。

法律建议：

• 明确合同分配：在签订房屋租赁合同时，双方应明确合同的分配方式，并在合同中注明每份合同的归属。这有助于避免后续因合同分配问题产生的纠纷。
• 保留合同原件：无论合同分配给哪方，都应妥善保管合同原件。合同原件是证明双方权利和义务的重要依据，也是解决纠纷的关键证据。
• 及时咨询律师：如果在合同分配或履行过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师。律师能够提供专业的法律意见和帮助，确保你的合法权益得到保障。

可能后果：

• 如果合同分配不明确或未妥善保管合同原件，可能导致在出现纠纷时无法提供有效证据，从而损害你的合法权益。
• 如果第三份合同未按照约定分配给相关方，可能引发合同纠纷或法律责任问题。因此，在签订合同时应明确约定并遵守合同分配原则。

如有任何关于房屋租赁合同或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。