案件复印件上的证据编号可以手写，但需满足一定条件以确保其证据效力。具体分析如下：

1. 手写编号的合法性
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，证据的形式要件核心在于真实性、合法性、关联性，法律并未禁止手写标注证据编号。只要手写内容能够清晰反映与原件的对应关系（如注明“复印件与原件一致”并签名、标注日期），且未篡改证据核心内容，手写编号本身不影响证据效力。

2. 手写编号的注意事项

   • 签名确认：建议在编号旁由提交人签名并注明日期，以证明编号的权威性；
     
   • 与原件一致性：若复印件内容有修改，需在编号处特别说明（如“此复印件第2页有涂改，详见原件”）；
     
   • 避免遮挡关键信息：编号应标注在非证据内容区域（如页眉、页脚或空白处），防止因遮挡导致证据内容不完整。

3. 对比打印编号的优势与风险

   • 优势：打印编号更规范，可避免因字迹潦草、褪色等问题导致编号模糊；
     
   • 风险：若打印编号后篡改证据内容（如替换页面），可能因编号与内容不匹配被质疑真实性。此时手写编号的“即时性”反而可能成为优势（如现场标注编号并签名）。

4. 实践建议

   • 优先选择打印编号：若条件允许，建议使用打印编号并加盖公章或骑缝章，增强证据的证明力；
     
   • 手写编号的补强措施：若必须手写，可同步录制标注过程视频，或由多名无利害关系人见证签名，以固定编号的合法性。

总结：手写证据编号不违法，但需通过签名、日期、一致性说明等方式补强其效力。若涉及重大案件或证据争议，建议结合打印编号与手写确认的双重方式，最大限度降低证据被否定的风险。如有具体案件操作疑问，可进一步向我咨询。