车辆全损协议中约定的保险赔偿和残值拍卖款项，通常是分别支付的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从合同约定角度
   车辆全损协议本质上是保险人与被保险人（车主）就车辆全损赔偿事宜达成的合意。若协议中明确约定“保险赔偿款支付至被保险人指定账户，残值拍卖款支付至第三方拍卖平台或指定账户”，则双方需按约定分别履行支付义务。这种分项支付条款常见于协议中，目的是明确资金流向、避免混同。

2. 从保险理赔流程角度
   保险赔偿款的支付需以保险公司完成定损、核赔为前提。根据《保险法》第二十三条，保险公司应在收到赔偿请求后30日内作出核定，达成赔偿协议后10日内履行给付义务。而残值拍卖款的支付时间取决于拍卖流程，通常需等待车辆残值完成拍卖、买受人付款后，由拍卖机构或保险公司转付。两者支付条件不同，自然需分别处理。

3. 从残值处理实务角度
   车辆全损后，保险公司会委托专业机构对残值进行评估并拍卖。拍卖款属于车辆剩余价值，理论上应归被保险人所有（除非协议另有约定）。但实务中，保险公司可能直接从保险赔偿款中扣除残值金额，再将差额支付给车主。不过，若协议已明确“保险赔偿与残值拍卖分开处理”，则需分别支付，例如：保险赔偿款由保险公司直接支付车主，残值拍卖款由拍卖公司支付车主或按协议约定分配。

温馨提示：
若协议未明确支付方式，建议立即与保险公司或拍卖机构书面确认，避免后续纠纷。若涉及残值归属争议（如保险公司主张残值归其所有），需结合协议条款、保险合同约定及《保险法》第五十九条（保险人支付全部保险金后，受损保险标的权利归保险人）综合判断。如有疑问，可随时向我咨询具体条款解读或维权策略。