结论：不长期生活在当地的林权共有人持林权证签协议，不一定能推翻表见代理，需结合具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
- 表见代理的构成要件角度
- 表见代理的构成需满足相对人有理由相信行为人有代理权且该相信是善意无过失的。如果林权共有人虽不长期生活在当地，但持有林权证这一关键权利凭证与他人签订协议，对于相对人而言，林权证具有公示公信力，相对人基于对林权证的信任，有理由相信该共有人有权代表其他共有人签订协议，且相对人通常难以知晓共有人之间的内部约定或实际居住情况，在相对人善意无过失的情况下，表见代理可能成立，此时该共有人持林权证签协议的行为不能推翻表见代理。
- 然而，如果相对人明知该共有人不长期生活在当地，且存在其他明显不合理之处，例如该共有人此前从未参与过林权相关事务管理，或者相对人通过其他途径知晓该共有人无权单独处分林权等，那么相对人就不属于善意无过失，表见代理不成立，此时该共有人持林权证签协议的行为可能因缺乏表见代理的构成要件而被否定，从某种意义上可以理解为“推翻”了原本可能被认定为表见代理的情形。
- 林权共有人内部关系角度
- 若林权共有人之间有明确的内部约定，规定不长期生活在当地的共有人无权单独签订涉及林权处分的协议，且该约定在共有人之间具有约束力。但这种内部约定一般不能对抗善意相对人。不过，如果该共有人签订协议的行为明显违反内部约定，且其他共有人能够证明相对人知道或应当知道该内部约定，那么该共有人持林权证签协议的行为可能因违反内部约定且相对人非善意，而不能产生表见代理的法律效果，即可以认为推翻了表见代理的认定。
- 若共有人之间没有明确的内部约定限制不长期居住共有人签订协议的权利，那么该共有人持林权证签协议，从共有人内部关系来看，其行为具有一定的合理性基础，相对人更容易基于这种合理外观形成相信其有代理权的判断，表见代理成立的可能性较大，此时较难推翻表见代理。
- 协议内容及履行情况角度
- 如果协议内容明显超出了林权共有人正常的处分权限范围，例如将林权以极不合理的低价转让，或者约定了与林权实际状况严重不符的条款等，相对人在签订协议时应当尽到更高的审慎注意义务。若相对人未尽到该义务，那么其不属于善意无过失，表见代理不成立，该共有人持林权证签协议的行为不能产生表见代理的后果，可视为推翻了表见代理。
- 若协议内容合理，且在协议履行过程中，该共有人按照协议约定履行了部分义务，或者相对人已经基于对协议的信任进行了合理的投入等，这些情况都可能进一步强化相对人相信该共有人有代理权的理由，表见代理更容易成立，此时推翻表见代理的难度较大。
综上所述，不长期生活在当地的林权共有人持林权证签协议能否推翻表见代理，不能一概而论，需要综合考虑表见代理的构成要件、共有人内部关系以及协议内容和履行情况等多方面因素。如果你有进一步的疑问或涉及具体案件情况，可以直接向我咨询。