确认劳动关系案件是可以调解结案的。以下从法律依据、调解的优势、调解的具体方式及注意事项等方面进行详细阐述：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因确认劳动关系发生的争议属于劳动争议范畴。而该法第五条明确指出：“发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。”这表明，确认劳动关系纠纷完全可以通过调解的方式解决。

二、调解的优势

1. 高效便捷：相较于仲裁和诉讼程序，调解通常更加迅速和灵活。它不需要严格的程序要求，能够节省当事人的时间和精力，使争议得到快速解决。
2. 成本较低：调解不需要支付高昂的仲裁费或诉讼费，降低了当事人的经济负担。这对于经济条件有限的劳动者来说，无疑是一个重要的优势。
3. 维护关系：通过调解，双方可以在相对友好的氛围中解决问题，有助于维护劳动关系的和谐稳定。这对于需要继续合作的双方来说，是非常重要的。
4. 保密性强：调解过程不公开进行，有利于保护双方的商业秘密和个人隐私。这对于涉及商业秘密或个人隐私的争议来说，是一个重要的保障。

三、调解的具体方式

1. 企业劳动争议调解委员会调解：企业可以设立劳动争议调解委员会，负责调解本企业内部发生的劳动争议。在确认劳动关系纠纷中，调解委员会可以组织双方当事人进行协商，促成双方达成和解协议。
2. 依法设立的基层人民调解组织调解：除了企业内部的调解委员会外，当事人还可以向依法设立的基层人民调解组织申请调解。这些调解组织具有专业的调解员和丰富的调解经验，能够有效地帮助双方解决争议。
3. 乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织调解：在某些地区，乡镇、街道也会设立具有劳动争议调解职能的组织，为当地居民提供劳动争议调解服务。这也是一个可供选择的调解途径。

四、调解过程中的注意事项

1. 自愿原则：调解应当遵循自愿原则，双方当事人必须自愿参加调解并达成协议。任何一方不得强迫另一方接受调解或协议内容。这是调解的基本原则，也是保障调解公正性和有效性的重要前提。
2. 合法合规：调解过程和结果必须符合法律法规的规定，不得损害国家、集体和他人的合法权益。在调解过程中，双方当事人应当遵守法律法规，尊重对方的合法权益，不得采取违法手段进行调解。
3. 证据收集：在调解过程中，双方当事人应当积极收集和提供证据材料，以支持自己的主张和诉求。同时，也要注意保护对方的合法权益和隐私信息。证据是调解的基础，只有充分、确凿的证据才能支持调解协议的公正性和有效性。

综上所述，确认劳动关系案件是可以通过调解方式结案的。调解作为一种灵活、高效的争议解决方式，具有诸多优势。在实际操作中，当事人应根据具体情况选择合适的调解途径，并充分了解调解的法律效力和注意事项，以确保自身权益得到有效保障。如果你有任何关于确认劳动关系案件调解结案的法律问题，可以直接向我咨询。