罪犯当卧底回来后的处理需根据其卧底行为的性质、法律后果及是否获得合法授权等多方面因素综合判断，具体处理方式如下：
若卧底行为获得合法授权且符合法律规定
若罪犯在执行卧底任务前已获得司法机关（如公安机关、国家安全机关）的正式授权，且其卧底行为严格遵循法律程序（如未超出授权范围、未实施其他犯罪行为），则其卧底期间的违法犯罪行为可能被认定为“执行职务行为”。根据《刑法》第二十八条关于“胁从犯”的规定（若存在被胁迫情形）或相关司法解释，司法机关可能对其从轻、减轻或免除处罚。此外，若其卧底行为对案件侦破有重大贡献，还可依据《刑法》第六十八条的规定认定为立功表现，进一步减轻或免除处罚。
若卧底行为未获得合法授权或超出授权范围
若罪犯未经合法程序授权擅自实施卧底行为，或虽获授权但超出范围实施其他犯罪（如盗窃、贩毒等），则其卧底期间的违法犯罪行为需独立承担法律责任。司法机关将根据其具体行为定性（如主犯、从犯）及犯罪情节（如数额、后果等），依照《刑法》相关规定追究刑事责任。此时，卧底身份不构成免责事由，但可能作为量刑情节予以考虑（如如实供述、配合调查等）。
若卧底行为涉及国家安全或重大公共利益
在涉及国家安全、恐怖活动等特殊案件中，若罪犯的卧底行为经国家安全机关或军队保密部门授权，且符合《国家安全法》《反恐怖主义法》等特别法规定，则其处理需优先适用特别法程序。此类案件中，卧底人员可能享受更严格的保密保护及更灵活的司法政策（如暂缓起诉、保密审判等），但具体处理仍需以法律授权为前提。
程序性保障与权利救济
无论何种情形，罪犯作为刑事诉讼当事人，均享有《刑事诉讼法》规定的辩护权、申诉权等程序性权利。若其对处理结果有异议，可依法申请复议、提起上诉或申请再审。此外，若卧底行为导致其人身、财产权益受损，还可依据《国家赔偿法》申请国家赔偿（需证明司法机关存在违法行为）。
总结：罪犯当卧底后的处理需严格区分行为性质与法律授权，合法授权的卧底行为可能减轻或免除处罚，非法行为则需独立担责。具体案件中，建议结合行为细节、授权文件及证据材料，由专业律师协助分析法律风险及辩护策略。