结论：在房屋征收补偿协议行政诉讼判定协议有效但补偿款一直未下放的情况下，利息的计算需分情况讨论，主要取决于协议约定、法律规定以及行政机关的过错程度等因素。以下为具体分析：
若协议中有明确约定利息计算方式：
- 分析：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在房屋征收补偿协议中，如果双方明确约定了补偿款支付的时间以及逾期支付的利息计算方式，那么行政机关应当按照协议约定支付补偿款及相应的利息。
- 建议：您应仔细审查补偿协议中的相关条款，如果协议中有明确约定，可以直接依据协议要求行政机关支付补偿款及利息。如果行政机关拒绝支付，您可以再次提起行政诉讼，要求法院判决行政机关履行协议并支付利息。
若协议中未明确约定利息计算方式，但法律有相关规定：
- 分析：在协议未明确约定利息的情况下，可以参照相关法律法规的规定。例如，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。虽然该条例未直接规定逾期支付补偿款的利息计算方式，但您可以依据《民法典》中关于违约责任的规定，要求行政机关赔偿因逾期支付补偿款给您造成的损失，这里的损失可以包括资金占用期间的利息损失。
- 利息计算标准：在司法实践中，对于逾期支付补偿款的利息计算标准，可能会参照中国人民银行同期同类贷款利率或者全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）进行计算。具体标准可能因地区和案件情况而有所不同，需要由法院根据实际情况进行判定。
- 建议：您可以向法院提起行政诉讼，要求行政机关支付补偿款及相应的利息损失。在诉讼过程中，您可以提供相关证据证明您的损失情况，如银行流水、贷款合同等，以便法院准确判定利息的计算标准和金额。
若协议和法律均未明确规定利息计算方式：
- 分析：在协议和法律均未明确规定利息计算方式的情况下，法院可能会根据公平原则和诚实信用原则，结合案件的具体情况，酌情判定行政机关支付一定的利息损失。这种情况下，利息的计算标准可能更加灵活，需要由法院根据行政机关的过错程度、您的实际损失情况等因素进行综合考量。
- 建议：您同样可以向法院提起行政诉讼，要求行政机关支付补偿款及利息损失。在诉讼过程中，您应充分陈述自己的诉求和理由，提供相关证据支持自己的主张，以便法院能够全面了解案件情况，并作出公正的判决。