公司迟到扣工资是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且已公示，迟到扣工资的规定不违反法律法规强制性规定，则合法：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 分析：若公司规章制度中明确规定了迟到扣工资的条款，且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知了劳动者，同时该条款不违反法律法规的强制性规定（如扣款后工资不得低于当地最低工资标准等），则公司迟到扣工资的行为是合法的。
若公司规章制度未公示或未告知劳动者，或迟到扣工资的规定违反法律法规强制性规定，则不合法：
- 未公示或未告知：如果公司规章制度中虽然规定了迟到扣工资，但并未公示或告知劳动者，那么该规章制度对劳动者不产生约束力，公司因此扣工资的行为不合法。
- 违反法律法规强制性规定：如果迟到扣工资的规定违反了法律法规的强制性规定，如扣款后工资低于当地最低工资标准，或者扣款比例过高（如一次迟到扣全天工资等），则该规定无效，公司因此扣工资的行为也不合法。
法律建议：
- 对于劳动者：如果公司因迟到扣工资，且你认为该行为不合法，可以先查看公司的规章制度是否公示或告知了你，以及该规章制度是否违反了法律法规的强制性规定。如果存在问题，你可以与公司协商解决，或者向当地劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的合法权益。
- 对于公司：在制定规章制度时，应确保规章制度的内容合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。同时，在执行规章制度时，也应确保不违反法律法规的强制性规定，以维护劳动者的合法权益和公司的良好形象。
可能后果：
- 如果公司因迟到扣工资的行为被认定为不合法，可能需要向劳动者支付被扣的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 如果劳动者因此与公司产生纠纷，可能会影响公司的正常运营和劳动关系的和谐稳定。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。