两个自然人之间签订的建设工程施工合同发生纠纷后，通常属于建设工程合同纠纷，案由可定为“建设工程合同纠纷”项下的具体子案由，如“建设工程施工合同纠纷”。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与案由确定
在建设工程领域，合同纠纷是常见的法律问题。当两个自然人之间签订了建设工程施工合同，并因合同的履行、解释、变更或终止等问题产生争议时，这类纠纷通常被归类为建设工程合同纠纷。在具体的司法实践中，为了更精确地定位纠纷的性质和适用法律，法院会根据纠纷的具体内容，将案由进一步细化为“建设工程施工合同纠纷”等子案由。
二、案由确定的具体依据
合同性质：建设工程施工合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。这种合同具有特定的法律特征和履行要求，因此，因该合同产生的纠纷自然属于建设工程合同纠纷的范畴。
纠纷内容：纠纷可能涉及合同的履行、工程质量、工程价款支付、工期延误等多个方面。这些具体内容都是确定案由时需要考虑的因素。例如，如果纠纷主要围绕工程价款的支付问题展开，那么案由可能更侧重于“建设工程施工合同价款纠纷”。但在大多数情况下，为了简化程序和提高效率，法院会直接将这类纠纷归类为“建设工程施工合同纠纷”。
三、法律建议与后续行动
收集证据：在发生纠纷后，双方应首先收集与合同履行相关的所有证据，包括合同文本、付款凭证、工程进度报告、质量检测报告等。这些证据将有助于证明各自的主张和权益。
协商解决：在收集到足够证据后，双方可以尝试通过协商的方式解决纠纷。协商解决具有灵活性和高效性，可以避免漫长的诉讼程序和高昂的诉讼成本。
寻求法律援助：如果协商无果，双方可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师将根据具体情况提供法律意见和解决方案，并代表当事人参与诉讼或仲裁程序。
提起诉讼或仲裁：在协商和法律援助均无法解决问题的情况下，双方可以向法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁。法院或仲裁机构将根据事实和法律作出裁决，以解决纠纷。
四、可能的法律后果
如果纠纷最终通过诉讼或仲裁解决，那么根据裁决结果，一方可能需要向另一方支付工程价款、赔偿损失或承担其他法律责任。这些法律后果将直接影响双方的权益和利益分配。
综上所述，两个自然人之间签订的建设工程施工合同发生纠纷后，通常属于建设工程合同纠纷，案由可定为“建设工程施工合同纠纷”。在处理这类纠纷时，双方应收集证据、协商解决、寻求法律援助，并在必要时提起诉讼或仲裁。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。